ปัจจุบัน สถาบันปาสเตอร์มีศูนย์วิจัยหลัก อยู่ 10 สาขา ได้แก่

• ชีววิทยาและการติดเชื้อในเซลล์
• ชีววิทยาการเจริญ
• พันธุศาสตร์
• วิทยาภูมิคุ้มกัน (immunology)
• วิทยาการระบาด (epidemiology)
• จุลชีววิทยา
• ประสาทศาสตร์
• ปรสิตวิทยาและวิทยารา (mycology)
• ชีววิทยาและเคมีเชิงโครงสร้าง
• วิทยาไวรัส (virology)

และยังมี หน่วยงาน บันทึกและรักษาเอกสารประวัติศาสตร์ ตัวอย่างเชื้อโรค วารสาร และหนังสือ