แองสติชู ปาสเตอ หรือสถาบันปาสเตอร์ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2430 โดยหลุยส์ ปาสเตอร์ นักเคมีและจุลชีววิทยาชาวฝรั่งเศส โดยมุ่งหมายให้เป็นสถานค้นคว้าศึกษาของนักวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับจุลชีววิทยาทั้งทางด้านการวิจัยพื้นฐาน และการวิจัยต่อยอดประยุกต์ โดยปาสเตอร์ได้รวบรวมนักวิทยาศาสตร์ในสาขาวิชาต่าง ๆ มารวมอยู่ด้วยกันในสถาบันของเขา ห้าแผนกแรกของสถาบันมีดังนี้

• แผนกวิจัยจุลชีววิทยาทั่วไป มีเอมิล ดูโคลซ์ (Émile Duclaux) เป็นหัวหน้า
• แผนกวิจัยสุขอนามัยและจุลชีพ มีชาร์ล จงแบร์ลองด์ (Charles Chamberland) เป็นหัวหน้า
• แผนกวิจัยการเปลี่ยนสัณฐานของจุลชีพ มีอิลยา อิลยิช เมชนิคอฟ (Ilya Ilyich Mechnikov) ชาวรัสเซีย เป็นหัวหน้า
• แผนกวิจัยโรคพิษสุนัขบ้า มีนายแพทย์ชาก-โชเซฟ กรองเชร์ (Jacques-Joseph Grancher) เป็นหัวหน้า
• แผนกวิจัยจุลชีพเชิงเทคนิค มีนายแพทย์เอมิล รูซ์ (Emile Roux) เป็นหัวหน้า

หลังจากก่อตั้งเพียงหนึ่งปี รูซ์ได้เปิดหลักสูตรจุลชีววิทยาเป็นหลักสูตรแรกของโลกในชื่อ กูร์ เดอ มิโกรบี เตกนิค (Cours de Microbie Technique;หลักสูตรว่าด้วยเทคนิคทางจุลชีพ)ในระยะแรก สถาบันได้ประสบปัญหาทางการเงินซึ่งได้รับการช่วยเหลือจากรัฐบาล เจ้านายต่างประเทศ และชนชั้นสูง ในเวลาต่อมาก็ได้รับเงินสนับสนุนจากการขายวัคซีนเพื่อเป็นทุนหล่อเลี้ยงสถาบัน

สถาบันมีบทบาทสำคัญมากในด้านสุขศาสตร์ทหาร โดยเฉพาะระหว่างสงครามโลกครั้งที่หนึ่งซึ่งทางสถาบันต้องรับมือกับเชื้อโรคประเภทต่าง ๆ รวมถึงจำนวนผู้ป่วยที่มีเป็นจำนวนมาก นอกจากนี้ ยังต้องให้วัคซีนโรคไข้รากสาดใหญ่กับทหารเพราะต้องดื่มน้ำจากลำธาร หรือน้ำฝน ภายในเดือนกันยายน พ.ศ. 2457 สถาบันได้ผลิตวัคซีนถึง 670,000 ชุด และคงผลิตต่อไปตลอดสงคราม และตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่สอง นักวิจัยสถาบันปาสเตอร์มุ่งมั่นศึกษาวิจัยในด้านชีววิทยาโมเลกุล

สถาบันเป็นที่ทำงานของนักวิทยาศาสตร์ผู้มีชื่อเสียงหลายท่าน เช่น

• เอมิล รูซ์ และอะเล็กซองดร์ แยร์แซง (Alexandre Yersin) ค้นพบกลไกการทำงานของแบคทีเรียคอตีบ Corynebacterium diphtheriae และการกำจัดด้วยยาปฏิชีวนะ
• อะเล็กซองดร์ แยร์แซง ค้นพบเชื้อโรคที่ทำให้เกิดกาฬโรคต่อมน้ำเหลือง Yersinia pestis พ.ศ. 2437
• เออร์เนสต์ ดุชเชสน์ (Ernest Duchesne) ปริญญานิพนธ์กล่าวถึงการใช้เชื้อ Penicillium glaucum ในการรักษาโรค พ.ศ. 2440 (ซึ่งอาจสามารถช่วยเหลือชีวิตทหารและพลเรือนในสงครามโลกจำนวนมาก)
• ปอล-หลุย ซีมงด์ (Paul-Louis Simond) ค้นพบบทบาทของหมัด ในการแพร่กาฬโรคต่อมน้ำเหลือง พ.ศ. 2441
• อัลแบร์ กัลเมตต์ (Albert Calmette) และเอมิล เกแรง (Camille Guérin) ค้นพบวิธีการเพาะเชื้อวัณโรครูปแท่ง Mycobacterium tuberculosis [จึงเรียกวัคซีนป้องกันวัณโรคว่า เบเซเช/บีซีจี ซึ่งมาจาก บาซิลลัส กัลเมตต์-เกแรง (Bacillus Calmette-Guérin) ต่อมา วัคซีนพัฒนา พ.ศ. 2464 ถือเป็นวัคซีนต้านโรควัณโรคที่ใช้งานได้เป็นแบบแรก]
• อัลฟองซ์ ลาเวรอง (Alphonse Laveran) ค้นพบบทบาทของโปรโตซัวกับการแพร่เชื้อไข้ป่า (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2450)
• อีลี เมตช์นิคอฟ (Élie Metchnikoff) เสริมสร้างความเข้าใจเกี่ยวกับระบบภูมิคุ้มกัน (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2451)
• คอนสแตนติน เลวาดิติ (Constantin Levaditi) และคาร์ล ลันด์ชไตน์เนอร์ (Karl Landsteiner) แสดงให้เห็นว่าไวรัสโปลิโอสามารถกำจัดได้ พ.ศ. 2453
• เฟลิกซ์ เดเรลล์ (Félix d'Herelle) ค้นพบ "ตัวกินแบคทีเรีย" หรือแบคทีริโอฟาจ (bacteriophage) ซึ่งเป็นไวรัสแพร่ในบรรดาแบคทีเรีย พ.ศ. 2460
• ชูลส์ บอร์เดต์ (Jules Bordet) ค้นพบระบบภูมิต้านทาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งบทบาทของแอนติบอดี และกลไกการกำจัดแอนติเจน (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2462)
• ชาร์ล นิกอล (Charles Nicolle) อธิบายการแพร่เชื้อไข้รากสาดน้อย โดยเฉพาะอย่างยิ่งการแพร่ผ่านเหา (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2471)
• ชอง เลเกรต์ (Jean Laigret) พัฒนาวัคซีนโรคไข้เหลือง พ.ศ. 2475
• อองดร์ ลูฟ (André Lwoff) ค้นพบโปรไวรัส พ.ศ. 2494
• ปิแยร์ เลปีน (Pierre Lépine) พัฒนาวัคซีนโปลิโอหนึ่งในตัวแรก เมื่อ พ.ศ. 2497
• แดเนียล โบเวต (Daniel Bovet) ค้นพบและสังเคราะห์ สารต้านฮิสตามีน (ยาแก้แพ้) (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2500)
• ฟรองซัว ชาคอบ (François Jacob) ชาก โมนอด์ (Jacques Monod) และ อองดร์ ลูฟ ค้นพบวิธีควบคุมไวรัส (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2508)
• ชอง-ปีแยร์ ชาโญว์ (Jean-Pierre Changeux) แยกตัวรับสารสื่อประสาทตัวแรกคือ ตัวรับอะซิติลโคลีน พ.ศ. 2513
• ปีแยร์ ตีโอลเลย์ (Pierre Tiollais) และคณะ พัฒนาวัคซีนไวรัสตับอักเสบชนิดบี วัคซีนในคนตัวแรกที่ได้จากการดัดแปรพันธุกรรมเซลล์สัตว์ พ.ศ. 2528
• ลุก มองตาเญียร์ (Luc Montagnier) ฟรองซัว บาร์-ซีนูสซี (Françoise Barré-Sinoussi) และคณะ ค้นพบไวรัสเอชไอวีสองชนิดที่ทำให้เกิดโรคภูมิคุ้มกันบกพร่อง (เอดส์) พ.ศ. 2526 (รางวัลโนเบล พ.ศ. 2551)

ในยุคปัจจุบันก็ได้มีการผลิตยาป้องกันโรคหลายชนิดได้แก่ วัคซีนวัณโรค คอตีบ บาดทะยัก ไข้เหลือง โปลิโอ และตับอักเสบชนิดบี เป็นต้น รวมถึงการค้นพบซัลโฟเอไมด์สำหรับการรักษาการติดเชื้อ กการค้นพบสารต้านพิษ