สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน เดิมคือ ศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธารณสุขมูลฐานอาเซียน ก่อตั้งและเริ่มดำเนินการเมื่อปี พ.ศ. 2525 เพื่อดำเนินโครงการศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธาณสุขมูลฐานแห่งอาเซียน โดยความร่วมมือกันของมหาวิทยาลัยมหิดล กับกระทรวงสาธารณสุข สนับสนุนการก่อตั้งโดยองค์การ JICA ประเทศญี่ปุ่น [1]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2529 ได้เริ่มดำเนินการหลักสูตรปริญญาโทนานาชาติ สาขาการบริหารงานพัฒนาการสาธารณสุขมูลฐานเป็นหลักสูตรแรกของโลก ซึ่งมีบทบาทต่อการถ่ายทอดประสบการณ์การพัฒนาโดยกลวิธีการสาธารณสุขมูลฐานของประเทศไทยให้แก่ประเทศกำลังพัฒนาและพัฒนาแล้วทั่วโลก และวันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2531 ได้ยกฐานะเป็น สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน ดำเนินงานต่างๆ อย่างต่อเนื่อง [2]

และเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2552 สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียนได้ปรับเปลี่ยน ชื่อเป็น "สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน" ตามประกาศของ สภามหาวิทยาลัยมหิดล [3]