การนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้น เป็นประเด็นขัดแย้ง มีการล่ารายชื่อคัดค้าน[33] จนกระทั่งวาระสุดท้ายของการพิจารณาในสภานิติบัญญัติแห่งชาติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่กรรมการสภาคณาจารย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ร่วมกับตุลย์ สิทธิสมวงศ์ ในฐานะกรรมาธิการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย คัดค้านสภานิติบัญญัติแห่งชาติในการผ่านร่างพระราชบัญญัติ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พ.ศ. ... อย่างเร่งรีบโดยไม่ฟังเสียงประชาคมจุฬาฯ นอกจากนี้ยังเกิดการวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางทั้งนักวิชาการ นักการศึกษา รวมถึงนิสิต นักศึกษา ประชาชนโดยทั่วไป โดยประเด็นที่วิพากษ์วิจารณ์นั้นจะวิเคราะห์ถึงข้อดีและข้อเสียของการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบ[34]

ข้อดี

• เพื่อเกิดความคล่องตัวในการบริหารมหาวิทยาลัยมากขึ้น
• เป็นการลดภาระค่าใช้จ่ายของรัฐบาล
• มหาวิทยาลัยสามารถเปิดหลักสูตรเพื่อตอบสนองความต้องการของตลาดแรงงานได้
• สวัสดิการของบุคลากรในมหาวิทยาลัยเทียบเท่าเอกชน

ข้อเสีย

• นักการเมืองมีบทบาทในมหาวิทยาลัยมากขึ้น เนื่องจากงบประมาณส่วนหนึ่งยังต้องขอรับการจัดสรรจากรัฐบาล
• ค่าเล่าเรียนอาจเพิ่มสูงขึ้น ซึ่งอาจจะเป็นการตัดโอกาสทางการศึกษาของผู้มีรายได้น้อยทางอ้อม
• คณะหรือหลักสูตรที่ไม่คุ้มทุนในการเปิดสอนอาจจะต้องปิดตัวลง
• การบริหารงานของฝ่ายบริหารอาจจะไม่โปร่งใส ตรวจสอบได้ยาก
• เนื้อหาของร่างพระราชบัญญัติมีลักษณะเป็นกฎหมายบริหารจัดการ "ทรัพย์สินที่ดิน" ไม่ได้เป็นการบริหารจัดการ "การศึกษา" แต่อย่างใด[35]