แนวความคิดที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้นมีมาตั้งแต่ พ.ศ. 2507 ซึ่งผู้บริหารและคณาจารย์ของมหาวิทยาลัยได้ยื่นหลักการต่อจอมพล ถนอม กิตติขจร นายกรัฐมนตรี ซึ่งก็ไม่ได้รับการเห็นชอบ เพียงแต่ได้มีการจัดตั้ง "ทบวงมหาวิทยาลัย" (ปัจจุบันคือ กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม) ขึ้น เพื่อดูแลมหาวิทยาลัยต่าง ๆ แทนสำนักนายกรัฐมนตรี ดังนั้นในยุคนี้ มหาวิทยาลัยต่าง ๆ จึงได้ย้ายไปสังกัดทบวงมหาวิทยาลัย จากเดิมที่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี แต่อย่างไรก็ตาม มหาวิทยาลัยก็ยังคงอยู่ภายใต้กฎหมายระเบียบของระบบราชการเช่นเดิม ซึ่งทำให้ขาดความคล่องตัวในการดำเนินงาน จึงได้มีความพยายามที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบราชการเรื่อยมา[1]

และในช่วงวิกฤตเศรษฐกิจเมื่อปี พ.ศ. 2541 นโยบายการออกนอกระบบก็ได้เป็นข้อตกลงหนึ่งที่ผูกพันกับสัญญาการกู้ยืมเงินกับธนาคารพัฒนาเอเชีย โดยรัฐบาลมุ่งหมายลดงบประมาณในส่วนราชการให้สามารถเลี้ยงตนเองและบริหารงบประมาณเองได้ ในช่วงปี พ.ศ. 2542 เริ่มมีการเสนอให้มหาวิทยาลัยหรือคณะวิชาที่ตั้งขึ้นใหม่ "ออกนอกระบบ" ราชการ และมีการหยุดรับข้าราชการเข้ามาในมหาวิทยาลัยรัฐเดิมทั้งหมด ตำแหน่งที่บรรจุเข้ามาใหม่ เรียกว่า "พนักงานในสถาบันอุดมศึกษา" ซึ่งมีกรอบเงินเดือนและสวัสดิการแตกต่างจากข้าราชการเดิม และหากผู้ที่เกษียณราชการไปให้ตำแหน่งและเงินเดือนนั้นเปลี่ยนเป็นตำแหน่งพนักงานในสถาบันอุดมศึกษาในตำแหน่งเริ่มบรรจุใหม่เท่านั้น

ในรัฐบาลทักษิณ ชินวัตร เริ่มมีความพยายามนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบอีกครั้งแต่มีการคัดค้าน ดังนั้นจึงยังไม่มีการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบในช่วงนี้ ต่อมาในสมัยรัฐบาลสุรยุทธ์ จุลานนท์ โดยวิจิตร ศรีสอ้าน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ก็ได้เสนอคณะรัฐมนตรีและสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ให้ผ่านร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐของแต่ละมหาวิทยาลัยอีกครั้ง