ชาวออตโตมันควบคุมดินแดนมาซิโดเนียในปัจจุบันเป็นเวลาประมาณห้าศตวรรษ พวกเขาได้ทิ้งร่องรอยไว้กับมัสยิด และอาคารในศาสนาอิสลามอื่น ๆ ที่ได้สร้างขึ้น

สถาปัตยกรรมออตโตมันมีความโดดเด่นในบางเขตของเมืองสโกเปียโดยเฉพาะเขตเมืองเก่า มัสยิดมุสตาฟา ปาชา (ตุรกี: Mustafa Paşa Camii) เป็นหนึ่งในอาคารออตโตมันที่มีชื่อเสียงที่สุดในมาซิโดเนียเหนือ มัสยิดแห่งนี้สร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1492 มีผังเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส และมีขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางของโดม 16 เมตร เสาของพะไล (ตุรกี: sütunlu giriş) ตกแต่งด้วยส่วนแขวนประดับ (ตุรกี: mukarnas; อังกฤษ: stalactite) ที่เป็นแบบฉบับของสถาปัตยกรรมออตโตมัน[2]

สถาปัตยกรรมออตโตมันยังสามารถเห็นได้ในเมืองบิตอลา (มาซิโดเนีย: Битола) และเตตอวอ (มาซิโดเนีย: Тетово)