มีการเผยแพร่ศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์ในประเทศไทยมาก่อนการก่อตั้งสภาคริสตจักรอยู่แล้ว โดยคณะมิชชันนารีเริ่มเข้ามาเผยแพร่ครั้งแรกในสมัยรัชกาลที่ 3 ต่อมาในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 19 เหล่าศาสนาจารย์จากคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียนเริ่มเข้ามาเผยแพร่ศาสนาอย่างเป็นกิจลักษณะ ขยายไปยังจังหวัดอื่น ๆ เช่น เชียงใหม่ รวมถึงขยายไปยังประเทศลาวด้วย

ในปี ค.ศ. 1928 ซึ่งครบรอบวาระ 100 ปีโปรเตสแตนต์ในประเทศไทยมีการเสนอให้จัดตั้งสภาคริสตจักรแห่งชาติขึ้น และในปี ค.ศ. 1930 ได้มีการจัดตั้ง "สยามคริสตสภา" ขึ้นเป็นครั้งแรก แต่ยังอยู่ภายใต้การกำกับควบคุมดูแลของมิชชันนารีชาวต่างประเทศ ต่อมาเมื่อมีการเปลี่ยนชื่อประเทศจึงเปลี่ยนเป็น "สภาคริสตจักรในประเทศไทย" และในปี ค.ศ. 1957 มิชชันนารีคณะเพรสไบทีเรียนสลายตัว มอบความรับผิดชอบการเผยแพร่ศาสนาให้แก่สภาคริสตจักรไทยโดยตรง