วัตถุประสงค์ขององค์การมีอยู่สามประการด้วยกันคือ

1. เพื่อรวบรวมชาวคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์ทั้งหลายในประเทศไทยเข้าด้วยกัน
2. เพื่อให้มีความสัมพันธ์ในการเผยแพร่พระกิตติคุณ และรับใช้พระเจ้าและชุมชนตามน้ำพระทัยของพระเจ้า ด้วยวิธีการเลี้ยงตนเอง ปกครองตนเอง และสร้างเสริมกิจกรรมทั้งปวงให้เจริญเติบโตมั่นคงยิ่งขึ้น
3. เพื่อกระทำตนให้เป็นประโยชน์ต่อส่วนรวมในการพัฒนาสังคมและประเทศชาติ