อีซัก ชิซิ สวู ทุยงาเล็ง มุยวาห์ และ เอส เอส คาปลัง เป็นผู้ก่อตั้ง NSCN-IM และเป็นประธานและเลขาธิการทั่วไป ส่วน เอส เอส คาปลัง เป็นประธานของ NSCN-K ในทางการเมือง NSCN-IM แบ่งพื้นที่ในเขตอิทธิพลเป็น 11 บริเวณตามเผ่าย่อย เพื่อความสะดวกในการบริหาร ในหลายพื้นที่มีการจัดตั้งรัฐบาลคู่ขนาน โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกิจการภายในที่พยายามเข้ามาแทนที่กลไกการบริหารของรัฐบาลอินเดีย ยังมีการตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นเรียกว่ารัฐบาลแห่งสาธารณรัฐประชาชนนาคาแลนด์เพื่อรับความช่วยเหลือจากต่างประเทศ