สมาคมฯ ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ว่าไม่มีผลงานอื่น นอกเหนือจากผลงานของฟุตบอลทีมชาติไทย ที่ชนะเลิศในกีฬาซีเกมส์หลายสมัย โดยมีการวิพากษ์วิจารณ์ว่า การส่งรายชื่อทีมสโมสร ในการแข่งขันฟุตบอลเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกล่าช้า ทำให้ทีมสโมสรไทยถูกตัดสิทธิการแข่งขันในปีนั้น และส่งผลในปีต่อมา ให้จำนวนทีมไทยเข้าร่วมเพียงหนึ่งทีม จากปกติสองทีม

• ปลายปี 2549 ได้มีปัญหาเงินรางวัลในการแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 1 ที่ไม่สามารถเรียกจ่ายได้และไม่มีคนรับผิดชอบ โดย ชัยยงค์ ขำเปี่ยม ผู้ฝึกสอนสโมสรฟุตบอลตำรวจ ได้เข้าแจ้งและพร้อมที่จะทำการฟ้องหากไม่มีการจ่ายเงินรางวัล [4]
• ฟุตบอลคิงส์คัพ ได้มีการออกข่าวเปลี่ยนใจลดจำนวนประเทศที่เข้าร่วมเหลือ สี่ประเทศ หลังจากที่มีออกข่าวในเดือนตุลาคม เดือนตุลาคมว่าจะมีทีมที่ร่วมลงแข่ง 7 ประเทศ (ประเทศไทย 2 ทีม และประเทศอื่นอีก 6 ประเทศ) [5] โดยให้เหตุผลว่าต้องการเตรียมความพร้อม และจะพาทีมชาติไทยไปแข่งฟุตบอลโลก [6]
• 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 ทีมชาติไทยชุดใหญ่ นำผู้เล่นติดโทษแบน 2 คนเดินทางไปแข่งนัดเจอกับญี่ปุ่นในนัดเยือน (จุดกำเนิดตกรอบปรีโอลิมปิก)[7]
• 14 มิถุนายน พ.ศ. 2551 ทีมชาติไทยชุดใหญ่ไม่มีสนามซ้อม ทำให้ต้องวิ่งซ้อมที่พื้นปูนหน้าสนามราชมังคลาฯ ก่อนแข่งกับญี่ปุ่น ในอีก 2 วันถัดไป[8]
• 11 มกราคม พ.ศ. 2553 - สตง.สั่งสอบสวนทีมชาติไทยชุดซีเกมส์มีการเบิกเบี้ยเลี้ยงเกินจริง (เบิกเบี้ยเลี้ยงเต็มปี แต่จริงๆ แล้วเก็บตัว 3 เดือน แต่หลังจากตกรอบซีเกมส์ เลยออกมาอ้างว่าเก็บตัวแค่วันเดียวเลยโดนสั่งสอบ)[9]
• 2 มีนาคม พ.ศ. 2553 - สมาคมฟุตบอลไทยฯ ลืมทำวีซ่าเข้าอิหร่านให้นักเตะและสตาฟฟ์โค้ชทำให้เสียเวลา 3 ชม.ที่สนามบินตอนขาเข้าประเทศ[10]
• 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 - ทีมชาติไทยชุด U-19 ออกเดินทางไปแข่ง U-19 ชิงแชมป์เอเชียรอบสุดท้ายที่ประเทศจีนในวันที่ 3 ตุลาคม ทำให้นักเตะมีเวลาปรับตัวกับสภาพอากาศเพียง 1 วันก่อนแข่งกับซีเรียและแพ้ไป 0-1[11]
• 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 - ทีมชาติไทยชุดเอเชียนเกมส์ต้องเหลือผู้รักษาประตูคนเดียว เพราะ กวิน ผู้รักษาประตูมือ 1 บาดเจ็บ แต่ทีมชาติไทยดันส่งรายชื่อตัวสำรองเป็นผู้เล่นอายุเกิน 23 ทว่าโควตาอายุเกินเต็ม ทำให้ไม่สามารถเรียกมาเสริมได้ จึงต้องเล่นโดยไม่มีผู้รักษาประตูสำรองในนัดที่เหลือ[12]
• 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 - ทีมฟุตบอลโอลิมปิกทีมชาติไทย ถูกปรับแพ้ปาเลสไตน์ 0-3 เพราะส่งผู้เล่นติดโทษแบนลงสนาม[13][14][15]
• 6 พฤษภาคม พ.ศ. 2554 - นายกสมาคมฯ ล้มการประชุมเพื่อเลือกตั้งนายกสมาคมคนใหม่โดยไม่มีการลงมติจากที่ประชุม (ถือว่าผิดกฎของ กกท.)[16]
• 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2554 - อดีต เอฟเอ อังกฤษ ออกมาแฉว่า วรวีร์ มะกูดี เป็น 1 ในบอร์ดฟีฟ่า ที่ทำการขายเสียงในการโหวตเจ้าภาพฟุตบอลโลก 2018 โดยเบื้องหน้าคือให้อังกฤษมาเตะอุ่นเครื่องกับทีมชาติไทย แต่เบื้องหลังคือขอลิขสิทธิ์ในการถ่ายทอดเกมอุ่นเครื่องนัดนี้ไปทั่วโลก แลกกับการโหวตให้ประเทศอังกฤษเป็นเจ้าภาพฟุตบอลโลก[17]
• 29 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 - ทำทีมชาติไทยตกรอบฟุตบอลโลกรอบคัดเลือก โดยนัดสุดท้ายในรอบคัดเลือกทีมชาติไทยมีโอกาสเข้ารอบ 10 ทีมสุดท้ายโซนเอเชีย แต่ทำไม่สำเร็จ ภายหลังการแข่งขัน วินฟรีด เชเฟอร์ ผู้จัดการชาวเยอรมนีของไทย ฟุตบอลไทย ถ้าหากว่า อยากจะประสบความสำเร็จก็คือ การเตรียมทีมและการบริหารจัดการ ก่อนการมาเตะที่โอมาน เราทราบกันดีแล้วว่า เราไม่พร้อมและนักเตะมาซ้อมกันน้อยมาก ผลจึงออกมาเป็นแบบนี้ “มองเห็นศักยภาพอยู่ว่า เราจะก้าวขึ้นไปสุดยอดแห่งเอเชียได้ แต่ต้องแก้ไขที่ระบบการบริหารจัดการทั้งหมด” วินนี่ กล่าว นอกจากนี้ ยังมีการปูดข่าวการทำงานอีกด้วยว่าสมาคมฟุตบอลไม่ได้ส่งชื่อของ สมภพ นิลวงศ์ ให้กับฝ่ายจัดการแข่งขัน ทำให้เดินทางไปฟรี ไม่สามารถที่จะลงช่วยทีมได้[18]
• 31 สิงหาคม พ.ศ. 2555 - บริษัทแดอัน21 ได้ฟ้องแพ่งต่อสมาคมฟุตบอลและนายวรวีย์ มะกูดี ในข้อหาฉ้อโกงเงิน 29,760,636.87 บาท โดยเมื่อเดือนเมษายน 2550 นายวรวีย์ได้ทำสัญญามอบการบริหารสิทธิ์ประโยชน์ของสมาคมฟุตบอล ให้กับบริษัทแห่งนี้ ต่อมาบริษัทแห่งนี้ได้โอนเงินให้สมาคมฟุตบอล แต่ก็ไม่ได้สิทธิ์เข้าไปบริหารสิทธิ์ประโยชน์ จึงได้ฟ้องแพ่งเพื่อขอเงินคืน[19]
• 19 กันยายน พ.ศ. 2555 - นายวรวีร์ มะกูดี ได้แถลงข่าวแก้ข้อกล่าวหา ในเรื่องการยกที่ดินบริเวณพื้นที่หนองจอก ให้สมาคมฟุตบอลทำศูนย์ฝึกฟุตบอลแห่งชาติ โดยนำโฉนด 3 ฉบับ มีเนื่อที่ 17 ไร่ 3 งาน 27 ตารางวา มาแสดง ว่า ได้ยกให้สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยจริงๆ[20]