สมเด็จพระภัควดี พระเอกกระษัตรี มีพระชนม์ชีพช่วงต้นอย่างไรไม่เป็นที่ปรากฏ ทราบเพียงว่ามีพระนามเดิมว่า วงษ์ เป็นหญิงสามัญชนที่เข้ารับราชการเป็นบาทบริจาริกาตำแหน่งพระสนมโทในพระนารายน์ราชารามาธิบดี ทรงพระเมตตานักนางวงษ์มาก จึงโปรดเกล้าพระราชทานนามให้ใหม่ว่า นักนางบุบผาวดี เมื่อ พ.ศ. 2303[1] ในช่วงเวลานั้นพระศรีไชยเชษฐ์ (กวัน) เจ้าลาวเมืองสตึงแตรงถวายนางแก้วประทุมามารับราชการฝ่ายในได้สามเดือน ก็ไม่โปรดปรานส่งนางแก้วประทุมาคืนเมืองลาว[1]

หลังนักนางบุบผาวดีตั้งพระหน่อเจ้าได้สิบเดือน จึงประสูติการพระราชธิดา มีพระนามว่า นักองค์เม็ญ (หรือมิน) เมื่อ พ.ศ. 2308 พระนารายน์ราชารามาธิบดีปีติโสมนัสมาก ทรงโปรดเกล้าสถาปนานักนางบุบผาวดีขึ้นเป็น สมเด็จพระภัควดี พระเอกกระษัตรี ศรีจักรพรรดิราช วรลักษณ อรรคกัลยาณี วุฒิอุดมบรมบพิตร เป็นพระอัครมเหสี ขุนนางทั้งหลายให้เพ็ดทูลขานรับว่า "พระกรุณาพิเศษ" ส่วนคุณหญิงและข้าราชการฝ่ายในให้เพ็ดทูลขานรับว่า "แม่"[2] ต่อมาพระนารายน์ราชารามาธิบดี ทรงโปรดเกล้าสถาปนานักนางอี ขึ้นเป็นสมเด็จพระภัควดี พระศรีสุชาดา เป็นอัครมเหสีอีกพระองค์คู่กันใน พ.ศ. 2311[3] และด้วยความที่พระองค์เป็นพระอัครมเหสี จึงมีฐานะเป็นพระมารดาเลี้ยงหรือสมเด็จพระท้าวของนักองค์เองด้วย

เมื่อกรุงกัมพูชาเกิดจลาจลใน พ.ศ. 2325 สมเด็จพระภัควดี พระเอกกระษัตรีไม่ได้เสด็จลี้ภัยไปสยามพร้อมกับพระบรมวงศานุวงศ์พระอื่น ๆ ด้วย ส่วนนักองค์เม็ญ พระราชธิดา สิ้นพระชนม์ขณะเสด็จลี้ภัยไปกรุงสยาม