เจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์มีพระโอรส-ธิดาจำนวนหนึ่ง ปรากฏสำคัญเพียง 4 พระองค์ คือ[12]

1. เจ้าหญิงมะเดื่อ เป็นชายาในพระสัมพันธวงศ์เธอ กรมหมื่นนราเทเวศร์ ต้นราชสกุลปาลกะวงศ์ ณ อยุธยา มีโอรสและธิดาเป็นหม่อมเจ้า 3 พระองค์
2. เจ้าหญิงสาลี่ เป็นชายาในพระสัมพันธวงศ์เธอ กรมหลวงเสนีบริรักษ์ ต้นราชสกุลเสนีวงศ์ ณ อยุธยา มีโอรสคือหม่อมเจ้าทินกร เสนีวงศ์
3. เจ้าชาย (ไม่ทราบพระนาม) มีบุตรสองคน คนหนึ่งเป็นที่หลวงอินทรโกษา
4. เจ้าชายทองอิน เป็นที่พระยากลาโหมในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ก่อนถูกสำเร็จโทษในปี 2346 บุตรชายคนหนึ่งเป็นเจ้าพระยายมราช (สุก สินสุข)

ดังนั้นกรมขุนอินทรพิทักษ์เป็นต้นสกุลสินสุข และอินทรโยธิน[13]