สมเด็จพระราชาธิบดี สุลต่าน มีซาน ไซนัล อาบิดีน เสด็จพระราชสมภพวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2505 ณ พระราชวังอิสตานา อัล มักตาฟี เมืองกัวลาเตอเริงกานู รัฐตรังกานู เป็นพระราชโอรสพระองค์โตในสุลต่านมะห์มุด อัล-มักตาฟี บิลลาห์ ชาห์ กับพระนางชารีฟะ นอง ฟาติมา บินติ ซัยยิด อับดุลเลาะห์ พระมเหสีองค์รอง พระองค์เป็นยังดีเปอร์อากงแห่งมาเลเซียพระองค์แรก ที่ประสูติหลังการประกาศเอกราชของมาเลเซีย ส่วนพระมารดาของพระองค์มีเชื้อสายอาหรับจากซัยยิด โอมัร อัลญุนิอิด[2]