สุลต่านมูฮัมมัดที่ 5 ได้รับการเลือกตั้งจากการประชุมเจ้าผู้ปกครองเมื่อวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2559 เพื่อจะเป็นยังดีเปอร์ตวนอากง ผู้เป็นประมุขแห่งรัฐมาเลเซียพระองค์ต่อไป รัชกาลของพระองค์เริ่มเมื่อ 13 ธันวาคม 2559 ต่อจากสมเด็จพระราชาธิบดี ตวนกู อับดุล ฮาลิม สุลต่านแห่งรัฐเกอดะฮ์พระองค์ที่ 47[13] สุลต่านมูฮัมมัดที่ 5 ทรงเป็นยังดีเปอร์ตวนอากงที่มีพระชนมายุน้อยที่สุดถัดจาก สมเด็จพระราชาธิบดีตวนกู ซัยยิด ปุตราแห่งปะลิส สมเด็จพระราชาธิบดีสุลต่านมีซัน ไซนัล อาบีดินแห่งตรังกานู และสมเด็จพระราชาธิบดี ตวนกู อับดุล ฮาลิมแห่งเกอดะฮ์[14]

พระองค์เป็นยังดีเปอร์ตวนอากงพระองค์แรกในประวัติศาสตร์ที่จะปกครองโดยไม่มีสมเด็จพระราชินีหรือรายา ประไหมสุหรี อากง[15]

พระอนุชาของพระองค์ เติงกู มูฮัมมัด ฟาอิส เปตรา เติงกู มาห์โกตา จะทรงทำหน้าที่เป็นผู้สำเร็จราชการแห่งกลันตัน ตลอดระยะเวลาการดำรงตำแหน่งของสุลต่านมูฮัมมัดที่ 5 ขณะที่ทรงเป็นยังดีเปอร์ตวนอากง[16]

ในฐานะที่เป็นยังดีเปอร์ตวนอากง พระองค์มีพระราชอำนาจเต็มที่ในฐานะผู้บัญชาการกองทัพมาเลเซีย[17] นอกจากนี้พระองค์ยังมีหน้าที่ในฐานะ พันเอก - หัวหน้ากองปืนใหญ่กองทัพมาเลเซีย และทรงเข้าร่วมกิจกรรมและพิธีการทุกครั้ง[18]