หลังจากการอภิเษกสมรส เจ้าชายเฟลิเปพระสวามีของพระนางมีพระนิสัยเจ้าชู้มาก ไม่ค่อยสนใจพระนาง มักทำองค์ให้เจ้าหญิงฆัวนาทรงหึงพระองค์และทะเลาะกันบ่อยครั้งด้วยความรักพระสวามีอย่างมากจึงคอยติดตามตลอดเวลาไม่ว่าพระสวามีจะเสด็จที่ใด ต่อมาเมื่อเจ้าหญิงอิซาเบลและเจ้าชายฆวนพระเชษฐภคินีและพระเชษฐาที่ทรงสนิทสนมสิ้นพระชนม์ลงในระยะเวลาใกล้เคียงกัน ทำให้ทรงเสียพระทัยเป็นอย่างมาก ทรงมีพฤติกรรมเปลี่ยนแปลงไปเป็นทรงเก็บพระองค์มากขึ้น ใน พ.ศ. 2047 สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลลาที่ 1 แห่งกัสติยา สิ้นพระชนม์ลง เจ้าหญิงฆัวนาจึงทรงขึ้นสืบราชบัลลังก์ต่อจากพระมารดาเป็นสมเด็จพระราชินีฆัวนาแห่งกัสติยา ในขณะที่พระบิดา พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งอารากอนยังมีพระชนม์ชีพอยู่

การสวรรคตของพระเจ้าเฟลิเป

ภายหลังพระเจ้าเฟลิเปที่ 1 แห่งกัสติยา (เฟลิเปรูปหล่อ) สิ้นพระชนม์อย่างกะทันหันยังความโศกเศร้าพระทัยแก่พระนางฆัวนาเป็นล้นพ้น (มีการสันนิษฐานว่าอาจทรงต้องยาพิษ โดยพระเจ้าเฟอร์ดินานที่ 2 มีส่วนรู้เห็นด้วย)ทรงกันแสงและกรีดร้องตลอดเวลามิเป็นทรงงานราชการบริหารบ้านเมืองใด ๆ อีก ต่อมาจึงเริ่มมีกระแสข่าวลือไปทั่วว่าพระราชินีทรงอยู่กินกับพระศพพระสวามี โดยทรงกอดและจุมพิตพระศพทุก ๆ คืนแต่ความจริงคือพระนางทรงได้รับข่าวลือว่า พระศพถูกขโมยไปจึงทรงเปิดดูเท่านั้น เมื่อมีการเคลื่อนย้ายพระศพไปฝังยังเมืองกรานาดาทางตอนใต้ของสเปน พระนางมิให้หญิงใดเข้าใกล้พระศพพระสวามี ทั้งนางกำนัล นางรับใช้ แม้แต่แม่ชีด้วยทรงหึงหวงพระสวามีมาก ตลอดเวลาที่เดินทางทรงสั่งให้เปิดดูพระศพทุกวัน ถึงกับทรงกอดลูบพระศพ จนเป็นที่น่าสังเวศแก่ข้าราชบริภารทั้งหลายที่เห็น

การถูกขัง

พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งอารากอนพระบิดาจึงได้ดำเนินการเสนอต่อสภาประกาศให้ สมเด็จพระราชินีฆัวนา เป็นบุคคลไร้ความสามารถ จากการที่ทรงเสียพระสติและมีคำสั่งกักบริเวณพระราชินีผู้เสียสติไว้ที่ปราสาททอเดซียัส แล้วรวบอำนาจในการปกครองมาไว้ที่พระองค์ในฐานะผู้สำเร็จราชการแทน