ชาร์ล็อตแห่งไซปรัส (ฝรั่งเศส: Charlotte de Chypre) หรือ คาร์ลอตตาแห่งไซปรัส (กรีก: Καρλόττα της Κύπρου; 28 มิถุนายน ค.ศ. 1444 – 16 กรกฎาคม ค.ศ. 1487) เป็นสมเด็จพระราชินีนาถแห่งไซปรัส พระราชธิดาพระองค์ใหญ่และพระองค์เดียวที่ทรงพระชนม์ของพระเจ้าฌ็องที่ 2 ประสูติแต่เอเลนี ปาเลียวโลยีนาหลังการสวรรคตของพระราชชนกพระองค์ขึ้นเสวยราชสมบัติเมื่อพระชนมายุ 14 พรรษา หลังเสวยราชย์ไม่นาน พระองค์ถูกฌักพระราชบุตรนอกสมรส พระเชษฐาต่างพระชนนีชิงราชบัลลังก์จากการช่วยเหลือของพวกอียิปต์ ฌักทรงขับไล่อดีตสมเด็จพระราชินีนาถชาร์ล็อตออกจากเกาะไซปรัสใน ค.ศ. 1463 เพื่อครองราชย์แทน อดีตสมเด็จพระราชินีนาถชาร์ล็อตมีความปรารถนาที่จะกลับขึ้นสู่ราชบัลลังก์ โดยการสร้างกองทัพเพื่อชิงบัลลังก์แต่ไม่ประสบผลสำเร็จ กระทั่งพระองค์สวรรคตเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม ค.ศ. 1487 ณ กรุงโรม รัฐสันตะปาปา