สมเด็จพระวันรัต มีนามเดิมว่า เผื่อน คงธรรม เกิดเมื่อวันเสาร์ แรม 10 ค่ำ เดือน 12 ตรงกับวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2419 ภูมิลำเนาอยู่ตำบลบางม่วง อำเภอบางใหญ่ จังหวัดนนทบุรี เป็นบุตรของขุนภักดีภูบาล (พัก คงธรรม) กับนางเปลี่ยน ภักดีภูบาล[1]

ท่านได้ศึกษาภาษาไทยและภาษาบาลีกับพระศากยบุตติวงศ์ (หนู) วัดอรุณราชวราราม ตั้งแต่อายุได้ 9 ปี เมื่อพระศากยบุตติวงศ์มรณภาพ จึงย้ายไปศึกษากับพระมหาเปลี่ยนและพระยาธรรมปรีชา (ทิม) แล้วบรรพชาเป็นสามเณรเมื่ออายุได้ 15 ปี หลังจากพระมหาเปลี่ยนลาสิกขาบท ท่านย้ายมาอยู่วัดพระเชตุพนฯ ศึกษาในสำนักสมเด็จพระวันรัต (แดง สีลวฑฺฒโน) และพระยาธรรมปรีชา (ทิม) ต่อ

พ.ศ. 2439 กลับไปอุปสมบทที่วัดอัมพวัน ซึ่งใกล้บ้านเดิมของท่าน สมเด็จพระวันรัต (แดง สีลวฑฺฒโน) เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอุดรคณารักษ์ (ชุ่ม) และพระปลัดปั้น เป็นพระกรรมวาจาจารย์ อุปสมบทแล้วกลับมาอยู่วัดพระเชตุพนฯ ตามเดิม ศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรมจนปี พ.ศ. 2448 สอบได้เปรียญธรรม 8 ประโยค ได้รับพระราชทานพัดหน้านางพื้นตาดทองลายทองและนิตยภัตเดือนละ 12 บาท[2] และปี พ.ศ. 2449 สอบได้เปรียญธรรม 9 ประโยค ได้รับพระราชทานพัดหน้านางพื้นตาดทองลงลายยอดและสัน ใจกลางก้าไหล่ทอง และนิตยภัตเดือนละ 14 บาท[3]