สมเด็จพระสังฆราช (ดี) แต่เดิมเป็นชาวกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้มีพระราชโองการให้สืบหาพระสงฆ์มาจัดการพระศาสนา จึงได้มีการอาราธนาพระอาจารย์ดี จากวัดประดู่โรงธรรม (วัดประดู่ทรงธรรม) มาอยู่ที่วัดบางหว้าน้อย (วัดอมรินทรารามวรวิหาร) แล้วสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์แรกแห่งกรุงธนบุรี เมื่อ พ.ศ. 2311 ปรากฎในพระราชพงศาวดาร ฉบับพระราชหัตถเลขา ความว่า

...ในปีชวด สัมฤทธิศกนั้น สมเด็จพระพุทธเจ้าอยู่หัวทรงพระราชดำริว่า พระพุทธศาสนาจักวัฒนาการรุ่งเรืองนั้น เพราะอาศัยจตุบรรสัชทั้งสี่ปฏิบัติตามพระบรมพระพุทโธวาท และพระสงฆ์ทุกวันนี้ยังปฏิบัติในจตุปาริสุทธศีลบมิได้บริบูรณ์ เพราะเหตุหาพระราชาคณะซึ่งจะทรงปริยัติธรรมและสมถวิปัสสนาจะสั่งสอนบมิได้ จึงมีพระราชโองการสั่งพระศรีภูริปรีชาราชเสนาบดี ศรีสาลักษณ์ ให้สืบเสาะหา พระสงฆ์เถรานุเถระผู้รู้อรรถธรรมยังมีอยู่ที่ใดบ้าง ให้ไปเที่ยวนิมนต์มาประชุมกัน ณ วัดบางว้าใหญ่ ตั้งแต่งขึ้นเป็นพระราชาคณะผู้ใหญ่ผู้น้อยโดยสมควรแก่คณานุรูป ตามตำแหน่งเหมือนเมื่อครั้งกรุงเก่านั้น และพระศรีภูรีปรีชาก็สืบหาได้พระเถรานุเถระ ซึ่งเป็นพระราชาคณะบ้าง เป็นบาเรียนบ้าง เป็นอาจารย์ผู้บอกบ้าง แต่ครั้งกรุงเก่านั้นได้มาหลายรูป ประชุม ณ วัดบางว้าใหญ่ แล้วปรึกษา พร้อมกันตั้งพระอาจารย์ดีวัดประดู่ รู้คุณธรรมมาก ทั้งแก่พระวัสสาอายุ เป็นสมเด็จพระสังฆราช แล้วตั้งพระเถรานุเถระทั้งนั้นเป็นพระราชาคณะฐานานุกรมผู้ใหญ่ผู้น้อย ตามลำดับสมณฐานันดรศักดิ์เหมือนอย่างแต่ก่อน ให้อยู่ในพระอารามต่าง ๆ ในจังหวัดกรุงธนบุรี บังคับบัญชาและสั่งสอนบอกกล่าวฝ่ายคันถธุระและวิปัสสนาธุระแก่พระสงฆ์สามเณรทั้งปวง[1]...

แต่ในปีฉลู เอกศก (พ.ศ. 2312) ก็มีรับสั่งให้สึกเสีย ตามความในพระราชพงศาวดารฉบับเดียวกันว่า

...มีผู้เป็นโจทก์ฟ้องกล่าวโทษว่าเมื่อสมเด็จพระสังฆราชว่าแต่ครั้งอยู่ในค่ายพระนายกองโพธิ์สามต้นนั้น ได้คิดอ่านกับพระนายกองบอกให้เร่งรัดเอาทรัพย์แก่ชาวเมืองซึ่งตกอยู่ในค่ายส่อว่าผู้นั้น ๆ มั่งมี ๆ ทรัพย์มาก ครั้นกราบทูลพระกรุณาขึ้นตามคำโจทก์ฟ้อง จึงดำรัสให้พระยาพระเสด็จชำระถามสมเด็จพระสังฆราช สมเด็จพระสังฆราชไม่รับ จึงโปรดให้พิสูจน์ลุยเพลิงชำระตัวให้บริสุทธิ์เห็นตามจริง และสมเด็จพระสังฆราชแพ้แก่พิสูจน์เพลิง จึงดำรัสสั่งให้สึกเสีย[2]...