สมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดี (ชวน ณาต โชตญาโณ) สมเด็จพระสังฆราชคณะมหานิกายกัมพูชา (ขวาสุด) และสมเด็จพระมหาสุธรรมาธิบดี (ภุล เทส อินฺทญาโณ) สมเด็จพระสังฆราชคณะธรรมยุติกนิกายกัมพูชา (ลำดับที่ 2 จากทางขวาของภาพ) ขณะทรงเข้าร่วมพิธีเปิดการประชุมสังฆสภาของกัมพูชาประจำปี ค.ศ. 1961 (พ.ศ. 2504) ณ วัดอุณาโลม กรุงพนมเปญ

แต่เดิมมาการปกครองคณะสงฆ์กัมพูชานั้นไม่มีตำแหน่งสกลสังฆปริณายก หรือผู้ปกครองสงฆ์ทั้งหมดทุกนิกายทั่วสังฆมณฑล คณะสงฆ์แต่ละนิกายต่างก็มีสมเด็จพระสังฆราชเป็นของตนเองและแยกกันปกครอง ไม่ขึ้นแก่กันมาตลอด กระทั่งกองทัพเขมรแดงได้เข้ายึดอำนาจการปกครองประเทศกัมพูชาแบบเบ็ดเสร็จเด็ดขาดในปี ค.ศ. 1975 การปกครองของคณะสงฆ์ทั้งสองนิกายในช่วงเวลาดังกล่าวจึงขาดช่วงไปอย่างสิ้นเชิง เนื่องจากรัฐบาลกัมพูชาประชาธิปไตยของเขมรแดงมีการกวาดล้างศาสนาและลัทธิความเชื่อต่างๆ ทั่วประเทศ พระสงฆ์ในพุทธศาสนาต้องถูกบังคับสึกให้ออกมาใช้แรงงานหรือถูกสังหารในกรณีที่ไม่ยอมสึก บางส่วนก็ต้องลี้ภัยออกไปยังต่างประเทศ

เมื่อแนวร่วมสามัคคีสงเคราะห์ชาติกัมพูชาได้โค่นล้มการปกครองของเขมรแดงและจัดตั้งรัฐบาลสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาขึ้นแทนที่ในปี ค.ศ. 1979 แล้ว พุทธศาสนาในกัมพูชาจึงค่อยๆ ได้รับการฟื้นฟูขึ้นมาใหม่ ใน ค.ศ. 1981 คณะสงฆ์กัมพูชาได้มีการปรับปรุงโครงสร้างการปกครองตามอย่างคณะสงฆ์เถรวาทในประเทศเวียดนาม โดยจัดให้มีการปกครองคณะสงฆ์รวมกันเป็นคณะเดียวอยู่ในกำกับของรัฐบาล ไม่แบ่งแยกนิกาย มีตำแหน่งประมุขคณะสงฆ์เรียกว่า ประธานการกสงฆ์ โดยพระเทพ วงศ์ (ទេព វង្ស เทพ วงฺส) ได้รับเลือกเป็นประธานการกสงฆ์ที่ปรับปรุงใหม่[1][2]

หลังจากกัมพูชาลงนามในข้อตกลงสันติภาพปารีส ค.ศ. 1991 พระบาทสมเด็จพระนโรดม สีหนุ ได้ทรงสถาปนาพระเทพ วงศ์ เป็นสมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดี สมเด็จพระสังฆราชในคณะมหานิกาย และสถาปนาสมเด็จพระองค์ครู บัวร์ กรี (បួរ គ្រី บัวร กรี) เป็นสมเด็จพระสุคนธาธิบดี สมเด็จพระสังฆราชในคณะธรรมยุติกนิกาย ทำให้การปกครองคณะสงฆ์ประเทศกัมพูชากลับมาแยกกันปกครองเป็น 2 นิกาย และมีผู้ดำรงตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราช 2 พระองค์อีกครั้ง ทั้งนี้ รัฐธรรมนูญกัมพูชายังกำหนดให้สมเด็จพระสังฆราชทั้งสองพระองค์เป็นสมาชิกโดยตำแหน่งของกรมปรึกษาราชบัลลังก์ ซึ่งมีหน้าที่คัดเลือกผู้สืบราชสันตติวงศ์เป็นพระมหากษัตริย์กัมพูชา[3]

ถึงปี ค.ศ. 2006 พระบาทสมเด็จพระนโรดม สีหนุ ทรงสถาปนาสมเด็จเทพ วงศ์ เป็นสมเด็จพระอัครมหาสังฆราชาธิบดี สมเด็จพระมหาสังฆราชในพระราชอาณาจักรกัมพูชา นับเป็นบุคคลแรกในรอบ 150 ปีที่ได้รับตำแหน่งพิเศษดังกล่าว[2] และสถาปนาพระนนท์ แงด (នន្ទ ង៉ែត) เป็นสมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดี สมเด็จพระสังฆนายกในคณะมหานิกายมาจนถึงปัจจุบัน[2] ต่อมาในปี ค.ศ. 2007 จึงได้มีการสถาปนาสมเด็จบัวร์ กรี ขึ้นเป็นสมเด็จพระอภิสิริสุคนธามหาสังฆราชาธิบดี (សម្តេចព្រះអភិសិរីសុគន្ធាមហាសង្ឃរាជាធិបតី สมฺเตจพฺระอภิสิรีสุคนฺธามหาสงฺฆราชาธิบตี) สมเด็จพระมหาสังฆราชในคณะธรรมยุติกนิกายในพระราชอาณาจักรกัมพูชา โดยไม่ปรากฏว่ามีการแต่งตั้งผู้ใดขึ้นดำรงตำแหน่งสมเด็จพระสังฆนายกในคณะธรรมยุติกนิกายทดแทนอย่างเช่นในคณะมหานิกาย