พระองค์ได้แต่งหนังสือเทศน์ขึ้นไว้ สำหรับใช้อ่านในวันธรรมสวนะปกติ และในวันบูชา แต่งเรื่องปฐมสมโพธิ์ย่อ 3 กัณฑ์จบ สำหรับถวายเทศน์ในวันวิสาขบูชา 3 วัน ๆ ละ หนึ่งกัณฑ์ และเรื่องจาตุรงคสันนิบาตกับโอวาทปาติโมกข์ สำหรับถวายในวันมาฆบูชาที่วัดพระศรีรัตนศาสดาราม และยังได้ รจนาปฐมสมโพธิ์ภาคพิสดาร สำหรับใช้เทศนาในวัด 2 คืนจบอีกด้วย พระนิพนธ์ต่าง ๆ ของพระองค์ ยังคงใช้ ในการเทศนา และศึกษาเล่าเรียนของพระภิกษุ สามเณร จนถึงปัจจุบัน งานพระนิพนธ์ของพระองค์มีอยู่เป็นจำนวนมาก ส่วนใหญ่เป็นงานแปลพระสูตรที่มีอยู่ 20 สูตร หนังสือเทศนามี 70 กัณฑ์ และเบ็ดเตล็ดมี 5 เรื่อง

ในปี พ.ศ. 2431 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า ฯ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ทำการสังคายนาพระไตรปิฎก ซึ่งแต่เดิมจารึกไว้ด้วย อักษรขอม ด้วยการจารลงในใบลาน การคัดลอกทำได้ช้า ทำให้ไม่เป็นที่แพร่หลาย ไม่พอใช้ในการศึกษาเล่าเรียน ไม่สะดวกในการเก็บรักษา และนำมาใช้อ่าน ทั้งตัวอักษรขอมก็มีผู้อ่านได้น้อยลงตามลำดับ การพิมพ์พระไตรปิฎก เป็นเล่มด้วยตัวอักษรไทย จะแก้ปัญหาข้อขัดข้องดังกล่าวได้ จึงได้โปรดเกล้า ฯ ให้อาราธนาพระเถระนุเถระมาประชุม ร่วมกับราชบัณฑิตทั้งหลาย ตรวจชำระพระไตรปิฎกภาษาบาลี แล้วจัดพิมพ์เป็นเล่มหนังสือขึ้น (เรียกว่าพระไตรปิฎกฉบับ ร.ศ. 112) สมเด็จพระสังฆราช (สา) ขณะทรงดำรงสมณศักดิ์ที่สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ร่วมกับสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ขณะทรงดำรงพระยศกรมหมื่น เป็นรองอธิบดี จัดการทั้งปวงในการสังคายนาครั้งนี้[3] พระไตรปิฎกที่จัดพิมพ์ครั้งนี้มีจำนวน 1000 จบ ๆ ละ 39 เล่ม ใช้เงิน 2,000 ชั่ง พิมพ์เสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2436 เป็นที่เลื่องลือแพร่หลายไปทั่วโลก

และทรงผูกพระคาถาหน้าบันกระทรวงกลาโหม และตราแผ่นดินในสมัยรัชกาลที่ 5 (ตราอาร์ม)