พระองค์ประสูติเมื่อวันศุกร์ ขึ้น 10 ค่ำ เดือนยี่ ปีฉลู จ.ศ. 1095 ตรงกับวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2276[1] ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศแห่งอาณาจักรอยุธยา ในสมัยกรุงธนบุรี ได้เป็นพระอธิการอยู่วัดท่าหอย แขวงรอบกรุงเก่า มีพระเกียรติคุณในทางวิปัสสนาธุระ[2]

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้โปรดให้นิมนต์พระองค์มาอยู่ที่วัดพลับ[2] (วัดราชสิทธารามราชวรวิหาร) และให้เป็นพระราชาคณะที่พระญาณสังวรเถร พระองค์เป็นพระอาจารย์ของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้า ตั้งแต่ยังอยู่ที่วัดท่าหอย การที่โปรดให้นิมนต์มาอยู่ที่วัดพลับ ก็เนื่องจากเป็นวัดสำคัญฝ่ายอรัญวาสีของกรุงธนบุรี ซึ่งต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้รับพระราชทานชื่อใหม่ว่าวัดราชสิทธาราม

ปี พ.ศ. 2359 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระองค์ได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จพระราชาคณะที่สมเด็จพระญาณสังวร[3] นับว่าเป็นตำแหน่งพิเศษในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ที่พระราชทานแก่พระเถระผู้ทรงคุณทางวิปัสสนาธุระโดยเฉพาะ เมื่อสมเด็จพระสังฆราช (มี) สิ้นพระชนม์ เดิมทรงพระราชดำริจะตั้งสมเด็จพระพนรัตน (อาจ) วัดสระเกษ เปนสมเด็จพระสังฆราช แต่ภายหลังสมเด็จพระพนรัตนต้องอธิกรณ์จนถูกถอดจากสมณศักดิ์ แล้วทรงพระราชดำริว่า สมเด็จพระญาณสังวรเปนสมเด็จพระราชาคณะผู้ใหญ่ และเปนพระอาจารย์ที่เคารพในพระราชวงศ์ ในวันพฤหัสบดีที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2363 จึงโปรดให้แห่มาสถิต ณ วัดมหาธาตุ เมื่อถึงวันพฤหัสบดีที่ 7 ธันวาคม ศกนั้น จึงทรงตั้งเปนสมเด็จพระสังฆราช[2]

เมื่อครั้งเกิดอหิวาตกโรคระบาดในกรุงเทพฯ เมื่อปี พ.ศ. 2363 มีผู้คนเสียชีวิตมากมาย ประมาณถึง สามหมื่นคนเศษ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยทรงให้ตั้งพระราชพิธีอาพาธพินาศ โดยพระองค์ทรงศีลและให้ตั้งโรงทาน ส่วนสมเด็จพระสังฆราชทรงให้สังคายนาบทสวดมนต์ในพระราชพิธีดังกล่าว

ชาวบ้านทั่วไปมักเรียกพระองค์ว่า "พระสังฆราชไก่เถื่อน" เพราะร่ำลือกันว่า ทรงช่ำชองวิปัสสนาธุระถึงขนาดทำให้ไก่ป่าเชื่องด้วยอำนาจพรหมวิหารได้[4]