พระสถูปบรรจุพระบรมอัฐิของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช หน้าพระอุโบสถหลังเดิม วัดอินทารามวรวิหาร ภายหลังมีผู้ขนานพระสถูปนี้ว่า "พระเจดีย์กู้ชาติ" ร่วมกับพระสถูปอีกองค์หนึ่งที่อยู่ในบริเวณเดียวกัน ซึ่งเชื่อกันว่าบรรจุพระบรมอัฐิของกรมหลวงบาทบริจา พระอัครมเหสีของพระองค์

ครั้นถึงปี พ.ศ. 2325 ขณะนั้นกรุงธนบุรีมีอายุได้ 15 ปี พระยาสรรค์กับพวกได้ก่อกบฏ สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกซึ่งขณะนั้นไปทำศึกกับเขมรจึงกลับมายังกรุงธนบุรี เห็นว่าความไม่สงบของบ้านเมืองเกิดจากสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชมีพระสติวิปลาส จึงให้นำไปสำเร็จโทษด้วยการตัดพระเศียร[82] ณ ป้อมวิไชยประสิทธิ์ แล้วฝังพระบรมศพที่วัดบางยี่เรือใต้ (วัดอินทารามวรวิหาร) เมื่อวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2325[4] เสด็จสวรรคตขณะมีพระชนมพรรษาได้ 48 พรรษา สิริรวมครองราชย์ได้ 15 ปี และถือเป็นจุดสิ้นสุดของกรุงธนบุรี จากนั้นจึงได้สืบสวนความผิดของผู้ก่อกบฏ แล้วตัดสินให้นำพระยาสรรค์กับพวกไปประหารชีวิตในเวลาต่อมา[83]

อย่างไรก็ตาม นอกเหนือจากแนวคิดดังกล่าวแล้ว ยังมีแนวคิดอื่น เช่น ที่เสนอว่าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงถูกสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกทำรัฐประหาร และแนวคิดที่ว่าพระองค์ทรงสละราชบัลลังก์และลาผนวชไปยังนครศรีธรรมราช เป็นต้น[84]