กลุ่มชนชั้นนำในมลายูเป็นกลุ่มที่ออกมาต่อต้านแผนการสหภาพมาลายาอย่างจริงจัง เพราะเท่ากับเป็นการลดอำนาจของสุลต่านที่มีมานาน ส่วนชาวมลายูทั่วไป รู้สึกว่าพวกตนเสียสิทธิ์พิเศษที่เคยมีเหนือชาวจีนและชาวอินเดีย

ดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ ประธานกลุ่ม Pan Malayan Congress เป็นผู้นำในการจัดประชุมเพื่อคว่ำบาตรสหภาพมาลายา ผลที่ตามมาคือสุลต่านทุกพระองค์ไม่เข้าร่วมพิธีการก่อตั้งสหภาพมาลายาของอังกฤษ ประชาชนชาวมลายูเดินขบวนต่อต้านโดยคาดผ้าขาวบนหมวกซงกกสีดำ ต่อมาใน พ.ศ. 2489 ดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ ร่วมกับกลุ่มชนชั้นนำมลายูก่อตั้งพรรคอัมโนโดยดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ เป็นประธานพรรคคนแรก

เนื่องจากการเคลื่อนไหวทางการเมืองที่ซับซ้อนในขณะนั้น มีกลุ่มนิยมอิสลามที่ต้องการสร้างศาสนาอิสลามที่บริสุทธิ์ในมาเลเซีย และกลุ่มฝ่ายซ้ายนำโดยสหภาพมลายูหนุ่มที่ต้องการรวมมาลายา สิงคโปร์และอินโดนีเซียเข้าด้วยกัน ฝ่ายอังกฤษไม่สนับสนุนสองกลุ่มที่กล่าวมาโดยเฉพาะกลุ่มฝ่ายซ้ายที่อังกฤษปราบปรามอย่างรุนแรงตั้งแต่ พ.ศ. 2491 ดังนั้น อังกฤษจึงหันไปเจรจากลับพรรคอัมโน ซึ่งเริ่มต้นเมื่อ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2489 นำไปสู่การจัดตั้งสหพันธรัฐมาลายาขึ้นแทนที่เมื่อ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 แผนการสหภาพมาลายาจึงล้มเลิกไป