สะพานนี้จะเก็บค่าผ่านทางเฉพาะรถที่มุ่งหน้าไปทางทิศตะวันตกเท่านั้น ณ ด่านเก็บค่าผ่านทางฝั่งโอกแลนด์ ส่วนรถที่เดินทางระหว่างเกาะเยอร์บาบเวนาและตัวเมืองซานฟรานซิสโกไม่ต้องเสียค่าผ่านทาง

ระบบเก็บค่าผ่านทางแบบอิเล็กทรอนิกส์ล้วน (AET) เริ่มใช้งานมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 2020 ผู้ขับขี่สามารถชำระเงินได้โดยใช้อุปกรณ์เก็บค่าผ่านทางอิเล็กทรอนิกส์ (ฟาสแทร็ก; FasTrak) โปรแกรมเก็บค่าผ่านทางตามป้ายทะเบียน หรือชำระเงินทางออนไลน์

ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 2022 – 31 ธันวาคม ค.ศ. 2024 รถยนต์ทั่วไปที่ข้ามสะพานอ่าวในช่วงวันหยุดสุดสัปดาห์จะต้องชำระค่าผ่านทางเป็นเงิน 7 ดอลลาร์สหรัฐ ส่วนในวันธรรมดาค่าผ่านทางจะแตกต่างกันไปตามสภาพการจราจร โดยในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน (06.00–10.00 น. และ 16.00–20.00 น.) ค่าผ่านทางจะเพิ่มขึ้นเป็น 8 ดอลลาร์สหรัฐ ส่วนในช่วงนอกชั่วโมงเร่งด่วน (10.00–16.00 น. และ 20.00–06.00 น.) ค่าผ่านทางจะลดลงเหลือ 6 ดอลลาร์สหรัฐ

รถยนต์ที่มีผู้โดยสาร 3 คนขึ้นไป รถยนต์ที่ใช้พลังงานสะอาด และรถจักรยานยนต์ สามารถชำระค่าผ่านทางได้ในราคา 3.50 ดอลลาร์สหรัฐ หากใช้ฟาสแทร็กและช่องจราจรพิเศษสำหรับรถที่มีผู้โดยสารหลายคน (Carpool Lane)

ผู้ขับขี่ที่ข้ามสะพานอ่าวจะต้องชำระค่าผ่านทางภายใน 48 ชั่วโมงหลังจากข้ามสะพาน มิฉะนั้นจะได้รับใบแจ้งหนี้ค่าปรับ หากชำระค่าปรับภายใน 21 วัน จะไม่มีค่าธรรมเนียมเพิ่มเติม[64]