โบสถ์คริสต์สร้างแบบสถาปัตยกรรมสมัยใหม่ที่ใหญ่ที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[2] เคยได้รับรางวัลสถาปัตยกรรมดีเด่นจากสมาคมสถาปนิกสยาม ในพระบรมราชูปถัมภ์ พ.ศ. 2539 ออกแบบโดยอัชชพล ดุสิตนานนท์ เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กโถงสี่เหลี่ยมชั้นเดียว อาคาร กว้าง 21 เมตร ยาว 33.60 เมตร พื้นที่ส่วนไว้พระธาตุ กว้าง 21.00 เมตร ยาว 8.40 เมตร โครงหลังคามุงด้วยโลหะ กว้าง 50.40 เมตร ยาว 50.40 เมตร[3]

ผนังของวัดและส่วนไว้พระธาตุเป็นกระจกใส บริเวณด้านหน้าเป็นส่วนประกอบพิธี ส่วนด้านหลังเป็นที่เก็บอัฐิของบุญราศีทั้ง 7 ภายในมีโลงแก้วบรรจุหุ่นขี้ผึ้งของบุญราศีทั้ง 7 มีไม้กางเขน 7 แห่งด้านหน้าแทนบุญราศีทั้ง 7 วัสดุที่ใช้มีทั้งกระจกเรียบและหินทรายหยาบ ต้นไม้ด้านในกำแพงจะมีการจัดแต่ง วางเป็นระเบียบ แต่ต้นไม้ภายนอกกำแพงจะไม่มีการจัดเรียง มีการใช้แสงเงาและรูปทรงเรขาคณิตที่เรียบง่าย รอบโบสถ์เป็นกำแพงโอบล้อม เป็นครึ่งวงกลม มีผนังโค้งประดับภาพนูนต่ำ เล่าเรื่องราวประวัติบุญราศีแห่งวัดสองคอน ด้านหลังติดต่อกับแม่น้ำโขง ภายในบริเวณวัดยังมีบ้านไม้ทรงไทย คล้ายยุ้งข้าว เป็นบ้านพักของซิสเตอร์ที่เสียชีวิตจากครั้งนั้น[2]