นิกายสักยะมีการแบ่งเป็นนิกายย่อยหลายนิกายเช่นเดียวกับนิกายอื่น ๆ คำสอนที่ถือเป็นแก่นของนิกายคือ ลัมเดร มรรควิถีและผล ปรัชญาทางมรรควิถีของนิกายนี้ถือว่าไม่สามารถแยกสังสารวัฏและพระนิพพานออกจากกันได้ เพราะจิตมีรากฐานอยู่ทั้ง 2 อย่าง ดังนั้น ผู้ฝึกฝนจำเป็นต้องศึกษาให้เข้าใจถ่องแท้ทั้ง 2 สภาวะ การปฏิบัติที่เป็นหลักของนิกายนี้คือ เหวัชระ จักรสัมภวะ ตันตระและมารกกาล