นิกายสักยะเคยมีบทบาทปกครองทิเบตอยู่ราว 100 ปี เนื่องจากสักยะบัณฑิตได้ไปเผยแพร่พุทธศาสนาที่มองโกเลียจนเป็นที่เลื่อมใสของโกดันข่าน ต่อมา พักปะ หลานชายของสักยะบัณฑิตประดิษฐ์อักษรพัก-ปาเพื่อใช้เขียนภาษามองโกเลีย กุบไลข่านพอใจผลงานของพักปะจึงแต่งตั้งให้พักปะมีอำนาจปกครองทิเบต 3 แคว้น ถือว่าพักปะเป็นคนแรกในประวัติศาสตร์ทิเบตที่มีอำนาจทั้งทางศาสนาและการเมือง