คัมภีร์สัมโมหวิโนทนีแบ่งออกเป็น 40 ภาณวาร (หมวด) เนื้อหาหลักเป็นการอธิบายหลักธรรมอันลึกซึ้งของพระอภิธรรม ซึ่งพระอภิธรรมนั้นเป็นการแจกแจงข้อธรรมล้วน ๆ ไม่มีเรื่องราวอธิบายประกอบ โดยเฉพาะในส่วนของคัมภีร์วิภังค์ อันเป็นคัมภีร์ที่ 2 จากทั้งหมด 7 คัมภีร์ของพระอภิธรรมปิฎกนั้น เป็นการยกหมวดธรรมขึ้นตั้งเป็นหัวข้อเรื่องแล้วแยกแยะออกอธิบายชี้แจงวินิจฉัยโดยละเอียด แต่แม้จะเป็นการอธิบายข้อธรรมโดยละเอียด ก็ยังยากที่จะพิจารณาให้เข้าใจ เนื่องจากเป็นข้อมูลเชิงลึก

ด้วยเหตุนี้ ท่านผู้รจนาจึงใช้วิธีการอธิบายด้วยการยกอุปมาบ้าง ด้วยการยกตัวอย่างจากเรื่องราวจากพุทธประวัติของพระโคตมพุทธเจ้าและพระพุทธเจ้าในอดีตบ้าง เรื่องราวในอดีตบ้าง มีการวินิฉัยคำศัทพ์ที่ปรากฏอยู่ในพระคัมภีร์บ้าง (วินิจฉัยโดยอรรถ) นอกจากนี้ ยังมีการอธิบายข้อธรรม โดยโยงกับวิธีการปฏิบัติตามแนวทางวิปัสสนาต่าง ๆ เช่น การพิจารณาอสุภกรรมฐาน และตามแนวทางสติปัฏฐาน 4 เป็นอาทิ

ด้วยเหตุนี้ จึงอาจกล่าวได้ว่า สัมโมหวิโนทนี มีลักษณะเป็นทั้งสารานุกรม โดยการอธิบายหลักธรรมด้วยการอุปมาและอ้างอิงข้อมูลและเรื่องราวที่เกิดขึ้นมาแล้ว คัมภีร์นี้ยังมีลักษณะเป็นพจนานุกรม ด้วยการวินิฉัยคำศัทพ์ที่ปรากฏ และยังมีลักษณะเป็นคู่มือในการปฏิบัติธรรมตามหลักธรรมที่ปรากฏในพระไตรปิฎก ในข้อหลังนี้มีส่วนทำให้คัมภีร์สัมโมหวิโนทนี มีส่วนคล้ายคลึลงกับคัมภีร์วิสุทธิมรรค ผลงานอันยิ่งใหญ่ของพระพุทธโฆสะอยู่ไม่น้อย ดังที่ระบุไว้แล้วว่า คัมภีร์สัมโมหวิโนทนีนี้รจนาขึ้นหลังคัมภีร์วิสุทธิมรรค จึงอาจได้รับอิทธิพลจากกันไม่มาก็น้อย [6]