สากลวิทยาลัยวิทยาศาสตร์สุขาภิบาลก่อตั้งครั้งแรกในปี พ.ศ. 2489 และพัฒนามาเป็นโรงเรียนแพทย์หลวงในปี พ.ศ. 2496 ต่อมาได้มีการย้ายแผนกแพทยศาสตร์ และ เภสัชศาสตร์ไปเป็นส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัยพนมเปญ(มหาวิทยาลัยภูมินทร์พนมเปญในปัจจุบัน) จนกระทั่งกัมพูชาเผชิญกับความไม่แน่นอนทางการเมือง เมื่อกัมพูชากลายเป็นประเทศคอมมิวนิสต์กัมพูชาประชาธิปไตย ในช่วงปี พ.ศ. 2518-2521 รัฐบาลเขมรแดงมองว่าการเรียนต่อในระดับอุดมศึกษาขัดแย้งต่ออุดมการณ์ของรัฐบาลเขมรแดง ทำให้มีการสังหารบุคลากรที่มีการศึกษาไปเป็นจำนวนมาก รวมไปถึงแผนกแพทย์ศาสตร์และเภสัชศาสตร์ได้รับความเสียหายและถูกทิ้งร้าง ต่อมาเมื่อเขมรแดงพ้นจากอำนาจ แผนกแพทย์ศาสตร์ได้เปิดการเรียนการสอนอีกครั้ง แต่ก็ต้องเผชิญกับปัญหาการขาดแคลนบุคลากรทางการแพทย์เป็นอย่างมาก จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2537 จึงเริ่มมีแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ [2]และในปี พ.ศ. 2540 ได้รับการยกฐานะเป็นสากลวิทยาลัยวิทยาศาสตร์สุขาภิบาล สังกัดกระทรวงสุขาภิบาล(กระทรวงสาธารณสุขกัมพูชา)