ในปัจจุบันยังไม่รู้ว่าใครเป็นผู้ป่วยรายแรกสำหรับโรคโควิด-19 ดังนั้น ลำดับยีนที่ใช้อ้างอิงในงานศึกษาหนึ่ง ๆ ก็จะเลือกเอาตามชอบใจ โดยมีทางเลือกเด่น ๆ ดังต่อไปนี้

• ลำดับจีโนม Wuhan-1 เป็นลำดับที่เก็บได้แรกสุดเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม 2019[5]
• กลุ่มนักวิจัยอีกกลุ่มหนึ่ง[5] ใช้ลำดับจีโนมอ้างอิงของ National Center for Biotechnology Information (NCBI) ซึ่งมีรหัส GenBankID:NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125[77] เป็นตัวอย่างที่เก็บได้เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2019[78] ถึงแม้กลุ่มนี้ก็ยังใช้จีโนมอ้างอิงคือ WIV04 ของจีเซด (ID: EPI_ISL_402124)[79] ในงานวิเคราะห์ต่าง ๆ ด้วย[80]
• ตามแหล่งอ้างอิงแห่งหนึ่ง[62] WIV04/2019 ซึ่งอยู่ในเคลด S ตามจีเซด / เชื้อสาย A ตามแพงโก / เคลด 19B ตามเน็กซต์สเตรน เป็นลำดับยีนที่เชื่อว่าใกล้มากที่สุดกับลำดับยีนของไวรัสดั้งเดิมที่มนุษย์ติดและเรียกว่า ลำดับศูนย์ (sequence zero)[62] โดยได้ตัวอย่างในวันที่ 30 ธันวาคม 2019 จากคนไข้ที่มีอาการ เป็นลำดับที่ใช้อ้างอิงกันมากที่สุด โดยเฉพาะในบรรดาองค์กรที่ทำงานร่วมกับจีเซด[81][62]