สารก่อกลายพันธุ์มีผลต่อการสร้างและการถ่ายแบบดีเอ็นเอและนำไปสู่การกลายพันธุ์หลายแบบ เช่น ทำให้อวัยวะหรือระบบสูญเสียหน้าที่ ทำให้เกิดมะเร็ง ทำให้ลำดับดีเอ็นเอผิดปกติ สารก่อกลายพันธุ์ชนิดแคลสโตเจน (clastogen) ทำให้โครโมโซมไม่เสถียร[15] นำไปสู่ความผิดปกติของโครโมโซมเช่น การสับเปลี่ยน การหลุดหาย สารก่อกลายพันธุ์ชนิดแอนิวเจน (aneugen) ก่อให้เกิดความผิดปกติที่เรียกว่า แอนิวพลอยดี (aneuploidy) ซึ่งเป็นความผิดปกติของจำนวนโครโมโซม