เมื่อรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 มีผลใช้บังคับ และกำหนดให้สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน เป็นองค์กรอิสระ โดยมี คตง. 10 คน และผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน 1 คน จึงได้มีการสรรหาผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน แต่ประสบปัญหาล่าช้า เนื่องจากผู้สมัครขาดคุณสมบัติ จึงมีผู้เสนอชื่อให้คุณหญิงจารุวรรณ เมณฑกา เป็นผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน และได้รับเลือกเป็นผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินคนแรก[4]

หลังการรัฐประหารในปี 2549 ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินได้รับแต่งตั้งเป็นกรรมการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อรัฐ (คตส.)[5] และให้ทำหน้าที่คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน ตั้งแต่วันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2549 จนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลง[6]

ต่อมาในปี 2553 สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาได้ตีความการปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่งผู้ว่าการสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ของคุณหญิงจารุวรรณ เมณฑกา ว่าพ้นจากตำแหน่งนับตั้งแต่วันที่มีอายุครบ 65 ปี[7] พิศิษฐ์ ลีลาวชิโรภาส รองผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน ได้เรียกร้องให้คุณหญิงจารุวรรณ ปฏิบัติตามคำวินิจฉัยดังกล่าว จนเกิดความขัดแย้งกันภายใน สตง. กระทั่งในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2553 ศาลปกครองกลางได้ตัดสินให้การดำรงตำแหน่งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินของคุณหญิงจารุวรรณ สิ้นสิ้นลงเมื่อมีอายุครบ 65 ปีบริบูรณ์แล้ว[8]