สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการการเลือกตั้ง โดยมีเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้งเป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง และรับผิดชอบการปฏิบัติงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งขึ้นตรงต่อประธานกรรมการการเลือกตั้ง

โดยแบ่งโครงสร้างส่วนงานในสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง เป็น 5 ด้านกิจการ สถาบันพัฒนาพรรคการเมืองและการเลือกตั้ง และส่วนงานไม่สังกัดด้านกิจการ ดังนี้

1) ด้านกิจการบริหารกลาง จัดแบ่งส่วนงานของด้านกิจการบริหารกลาง เป็น 3 สำนัก คือ

• สำนักบริหารทั่วไป
• สำนักการคลัง และ
• สำนักนโยบายและแผน

มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับกิจการทั่วไปของคณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง และกิจการที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมิได้กำหนดเป็นอำนาจหน้าที่ของด้านกิจการใดด้านกิจการหนึ่งโดยเฉพาะ รวมทั้งกำกับและเร่งรัดการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งให้เป็นไปตามนโยบาย แนวทาง และแผนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง อำนาจหน้าที่ดังกล่าวให้รวมถึงการเสนอและจัดทำนโยบายของคณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ แผนพัฒนาการเมือง และภารกิจตามกฎหมาย จัดทำแผนแม่บท ประสานแผนการปฏิบัติงาน เสนอแนะนโยบายในการตั้ง และการจัดสรรงบประมาณประจำปี ติดตามประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง จัดทำรายงานผลการดำเนินการตามนโยบายและแผนของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง จัดทำรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปี และข้อสังเกตของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย

2) ด้านกิจการสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย จัดแบ่งส่วนงานของด้านกิจการสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย เป็น 5 สำนัก คือ

• สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 1
• สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 2
• สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 3
• สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 4 และ
• สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 5

มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการรับเรื่องร้องคัดค้านเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ของผู้มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวข้องกับการเลือกตั้ง หรือการออกเสียงประชามติ ผู้มีอำนาจหน้าที่ดูแลรักษาความสงบเรียบร้อยในการเลือกตั้ง หรือเกี่ยวกับการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายเกี่ยวกับการเลือกตั้ง หรือเกี่ยวกับการทุจริตหรือประพฤติมิชอบในการเลือกตั้งของผู้สมัครรับเลือกตั้ง ผู้มีสิทธิเลือกตั้ง พรรคการเมือง หรือบุคคลอื่นใดทำการการสืบสวนสอบสวนเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการการเลือกตั้ง พิจารณาวินิจฉัยชี้ขาดปัญหา ข้อโต้แย้ง ที่เกิดขึ้นเกี่ยวกับการปฏิบัติตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรและการได้มาซึ่งสมาชิกวุฒิสภา กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการออกเสียงประชามติ และกฎหมายว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่นของคณะกรรมการการเลือกตั้ง ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย

3) ด้านกิจการบริหารงานเลือกตั้ง จัดแบ่งส่วนงานของด้านกิจการบริหารงานเลือกตั้ง เป็น 3 สำนัก คือ

• สำนักบริหารการเลือกตั้ง
• สำนักสนับสนุนการเลือกตั้ง และ
• สำนักวิจัยและพัฒนาการเลือกตั้ง

มีอำนาจหน้าที่ควบคุมและดำเนินการจัดหรือจัดให้มีการเลือกตั้งตามที่กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรและการได้มาซึ่งสมาชิกวุฒิสภา กฎหมายว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่น รวมทั้งกฎหมายว่าด้วยการลงคะแนนเสียงเพื่อถอดถอนสมาชิกท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่น ให้เป็นไปโดยสุจริตและเที่ยงธรรม ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัดและหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย

4) ด้านกิจการพรรคการเมืองและการออกเสียงประชามติ จัดแบ่งส่วนงานของด้านกิจการพรรคการเมืองและการออกเสียงประชามติ เป็น 2 สำนัก คือ

• สำนักกิจการพรรคการเมืองและการออกเสียงประชามติ และ
• สำนักบริหารการสนับสนุนโดยรัฐ

มีอำนาจหน้าที่รับคำขอจดแจ้งจัดตั้งพรรคการเมือง ควบคุมตรวจสอบการดำเนินการของพรรคการเมือง และปฏิบัติงานให้เป็นไปตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง ปฏิบัติงานธุรการให้แก่นายทะเบียนพรรคการเมือง ศึกษาและรวบรวมข้อมูลต่างๆ ที่เกี่ยวกับงานของนายทะเบียนพรรคการเมือง ปฏิบัติงานสนับสนุนพรรคการเมืองโดยรัฐ ควบคุมและดำเนินการจัดให้มีการออกเสียงประชามติตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการออกเสียงประชามติให้เป็นไปโดยสุจริต และเที่ยงธรรม พัฒนาพรรคการเมืองและการออกเสียงประชามติ ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง นายทะเบียนพรรคการเมือง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย

5) ด้านกิจการการมีส่วนร่วม จัดแบ่งส่วนงานของด้านกิจการการมีส่วนร่วม เป็น 2 สำนัก คือ

• สำนักการมีส่วนร่วมในกระบวนการเลือกตั้ง และ
• สำนักรณรงค์และเผยแพร่

มีอำนาจหน้าที่สนับสนุนส่งเสริมให้ประชาชน คณะบุคคล องค์การเอกชน และประชาคมจังหวัดเข้ามามีส่วนร่วมในกระบวนการเลือกตั้ง งานรับรองและสนับสนุนองค์การเอกชน งานดำเนินการเผยแพร่วิชาการ และให้ความรู้และการศึกษาแก่ประชาชน ประสานงานกับหน่วยราชการ ราชการบริหารส่วนท้องถิ่น รัฐวิสาหกิจ หรือหน่วยงานของรัฐ หรือสนับสนุนองค์การเอกชนในการให้การศึกษาแก่ประชาชนเกี่ยวกับการเลือกตั้ง และการปกครองระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค ปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย

6) สถาบันพัฒนาการเมืองและการเลือกตั้ง ประกอบด้วย

• สำนักวิจัยและวิชาการ และ
• สำนักพัฒนาบุคลากร

มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

1. ศึกษาวิเคราะห์สภาวการณ์ทางการเมืองและกระบวนการจัดการเลือกตั้งระดับชาติและระดับท้องถิ่น เพื่อนำไปสู่การพัฒนาในทุกมิติ ทั้งด้านโครงสร้าง กระบวนการ และพฤติกรรมทางการเมือง

2. จัดทำหลักสูตรและดำเนินการศึกษาอบรมบุคลากรทางการเมืองและการเลือกตั้ง สมาชิกของกลุ่มองค์กรภาคเอกชน ประชาคม และองค์กรชุมชน ตลอดจนปรับปรุงหลักสูตรที่มีอยู่เดิมให้มีประสิทธิภาพและเหมาะสมยิ่งขึ้น

3. สนับสนุนและส่งเสริมการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการเมืองระบอบประชาธิปไตย พรรคการเมือง และการเลือกตั้ง

4. ให้ความรู้และการศึกษาแก่ประชาชนเกี่ยวกับการปกครองในระบอบประชาธิปไตย และส่งเสริมการมีส่วนร่วมทางการเมือง

5. พัฒนาและบริหารฐานความรู้และองค์กรแห่งการเรียนรู้

6. ประสานความร่วมมือกับองค์กรจัดการเลือกตั้งของประเทศต่างๆ องค์กรระหว่างประเทศและองค์กรต่างประเทศในการศึกษาวิจัย การศึกษาอบรมบุคลากรทางการเมืองและการเลือกตั้งเกี่ยวกับการเมืองระบอบประชาธิปไตย พรรคการเมืองและการเลือกตั้ง

7. เป็นศูนย์ข้อมูลทางวิชาการและการวิจัยเกี่ยวกับการเมืองและการเลือกตั้ง และข้อมูลทางวิชาการอื่นๆ ที่เกี่ยวกับคณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง

7) ส่วนงานที่ไม่สังกัดด้านกิจการ ประกอบด้วย

• สำนักกฎหมายและคดี
• สำนักการประชุม
• สำนักประชาสัมพันธ์
• สำนักเลขานุการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
• สำนักวินิจฉัยและคดี
• สำนักผู้ตรวจการ
• สำนักผู้ตรวจสอบภายใน และ
• กลุ่มงานวิชาการ