ในการปฏิบัติหน้าที่ของคณะกรรมการการเลือกตั้ง ชุดแรก ใช้อาคารรัฐสภา 2 เป็นที่ทำการชั่วคราว ต่อมาเมื่อวันที่ 2 มิถุนายน 2541 ได้ย้ายไปอาคารธนาคารทหารไทย ถนนพญาไท กรุงเทพมหานคร และเมื่อวันที่ 13 มกราคม 2543 ได้ย้ายไปอาคารศรีจุลทรัพย์ ถนนพระรามที่ 1 เขตปทุมวัน กรุงเทพมหานคร

เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน 2551 ได้ย้ายไปยังอาคารรัฐประศาสนภักดี (อาคารบี) ศูนย์ราชการเฉลิมพระเกียรติ 80 พรรษา 5 ธันวาคม 2550 ถนนแจ้งวัฒนะ เขตหลักสี่ กรุงเทพมหานคร จนถึงปัจจุบัน