สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน มีอำนาจหน้าที่ตามพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน พ.ศ. 2550[3] ดังต่อไปนี้

1. รับผิดชอบงานธุรการและสนับสนุนการดำเนินงานของคณะกรรมการ
2. เสนอแนะนโยบายยุทธศาสตร์ แผนพัฒนาการศึกษาเอกชนต่อคณะกรรมการ
3. ส่งเสริม สนับสนุนด้านวิชาการ การประกันคุณภาพ การวิจัยและพัฒนาเพื่อประกันคุณภาพการศึกษาเอกชน
4. รับผิดชอบการดำเนินการเกี่ยวกับกองทุน
5. ดำเนินการจัดสรรเงินอุดหนุนการศึกษาเอกชนตามมาตรการที่คณะกรรมการกำหนดตามมาตรา 13 (4)
6. เป็นศูนย์ส่งเสริมสนับสนุนข้อมูล และทะเบียนกลางทางการศึกษาเอกชนตลอดจนติดตามตรวจสอบ และประเมินผลการจัดการศึกษาเอกชน
7. ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่คณะกรรมการมอบหมาย