จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาเอกชนในประเทศไทย เชื่อว่าการศึกษาประเภทนี้ได้ดำเนินการมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาแล้ว โดยเริ่มในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. 2199 - พ.ศ. 2231) จดหมายเหตุของมองสิเออสานิเยร์ กล่าวว่า เจ้าพระยาวิชาเยนทร์ได้สร้างโรงเรียนราษฎร์ไว้หลายโรงเรียน และจากจดหมายเหตุของบาทหลวงเดอซัวลี ซึ่งเข้ามาอยู่ในประเทศไทย เมื่อปี พ.ศ. 2228 ได้กล่าวถึงโรงเรียนราษฎร์ 3 โรง คือ โรงเรียนศรีอยุธยา โรงเรียนนมัสแพรนด์ และโรงเรียนสามเณร

ต่อมาในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ผู้ที่บุกเบิกการต่อตั้งโรงเรียนราษฎร์ไม่ใช่คนไทย แต่เป็นมิชชั่นนารีซึ่งเดินทางเข้ามาเผยแพร่ศาสนาในประเทศไทย โรงเรียนราษฎร์ซึ่งได้รับการจัดตั้งและสนับสนุนโดยมิชชั่นนารี ได้แก่ โรงเรียนของนามัททูน (Mrs. Mattoon) มิชชั่นนารีชาวอเมริกัน จึงเปิดสอนในปี พ.ศ. 2395 ซึ่งถือเป็นโรงเรียนราษฎร์แห่งแรกในสมัยนั้น โรงเรียนคริสเตียนไฮสกูล (The Christian High School) ปัจจุบันคือ โรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2431 เปิดสอนเฉพาะเด็กผู้ชาย สำหรับโรงเรียนกุลสตรีวังหลัง (Kunsatree Wang Lang School) ปัจจุบันคือ โรงเรียนวัฒนาวิทยาลัย เปิดสอนเฉพาะเด็กผู้หญิง ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2417 และโรงเรียนไทย – ฝรั่ง (Thai Farang School) ปัจจุบันคือ โรงเรียนอัสสัมชัญ (Assumption College) ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2420

โรงเรียนราษฎร์ทั้ง 3 แห่งดังกล่าว ในระยะเริ่มแรกดำเนินงานเป็นเอกเทศ มิได้ถูกควบคุมโดยหน่วยงานของรัฐแต่อย่างใด จนกระทั่งปี พ.ศ. 2448 กระทรวงธรรมการ (ซึ่งต่อมาคือ กระทรวงศึกษาธิการ) จึงเข้ามามีบทบาทในการดูแลโรงเรียนราษฎร์ทั้ง 3 แห่ง และในช่วงระยะเวลานี้เองโรงเรียนราษฎร์ซึ่งมีคนไทยเป็นเจ้าของ ก็ได้รับการจัดตั้งขึ้นชื่อโรงเรียนบำรุงวิทยา (Bamrung Wittaya School) และลงทะเบียนขึ้นกับกระทรวงศึกษาธิการเช่นเดียวกัน

การศึกษาเอกชนของประเทศขยายตัวมากขึ้นในปี พ.ศ. 2461 รัฐบาลจึงได้ประกาศพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชนครั้งแรก โดยมีจุดประสงค์เพื่อจะตรวจนิเทศโรงเรียนเอกชนทั่วราชอาณาจักร และเพื่อปรับปรุงแก้ไข กฎระเบียบ ของโรงเรียนเอกชน

ในปี พ.ศ. 2476 รัฐบาลจึงได้ประกาศพระราชบัญญัติกระทรวงศึกษาธิการขึ้น โดยจัดตั้งกองโรงเรียนราษฎร์ สังกัดกรมวิสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เพื่อควบคุมดูแลโรงเรียนราษฎร์ทั้งหมด