การจัดตั้งสำนักบริหารหนี้สาธารณะ ได้มีการเสนอแนวความคิดต่อคณะรัฐมนตรี และมีมติให้จัดตั้งเมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2542 เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง มีภารกิจในการกำหนดนโยบายและวางแผนการก่อหนี้ในภาพรวม การพัฒนาตลาดตราสารหนี้ของประเทศ การบริหารความเสี่ยง การบริหารเงินสด และ การจัดทำระบบฐานข้อมูลหนี้ของประเทศ โดยให้โอนอัตรากำลังและงานที่อยู่ในความรับผิดชอบของกองนโยบายเงินกู้ สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง และงานที่อยู่ในความรับผิดชอบของกลุ่มวิเคราะห์หนี้สาธารณะและเงินคงคลัง และส่วนหนี้สาธารณะและเงินคงคลัง ยกเว้นสายบริหารเงินคงคลัง สำนักการเงินการคลัง กรมบัญชีกลาง มาไว้ที่สำนักบริหารหนี้สาธารณะ

ต่อมาได้มีการยกฐานะขึ้นเป็นส่วนราชการระดับกรม ในสังกัดกระทรวงการคลัง เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545 [1]