สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ มีผู้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการมาแล้ว ทั้งสิ้น 5 ท่าน[2] ได้แก่

• นางพรรณี สถาวโรดม (9 ตุลาคม พ.ศ. 2545 - 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549)
• นายพงษ์ภาณุ เศวตรุนทร์ (16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 - 30 กันยายน พ.ศ. 2552)
• นายจักรกฤศฎิ์ พาราพันธกุล (25 ธันวาคม พ.ศ. 2552 - 30 กันยายน พ.ศ. 2555)
• นางสาวจุฬารัตน์ สุธีธร (1 ตุลาคม พ.ศ. 2555 - 30 กันยายน พ.ศ. 2557)
• นายกฤษฏา อุทยานิน (1 ตุลาคม พ.ศ. 2557 - 26 มีนาคม พ.ศ. 2558)[3] เสียชีวิตขณะดำรงตำแหน่ง
• นายสุวิชญ โรจนวานิช (7 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 - 30 กันยายน พ.ศ. 2560)
• นายประภาส คงเอียด (1 ตุลาคม พ.ศ. 2560 - 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2561)
• นายภูมิศักดิ์ อรัญญาเกษมสุข (10 พฤษภาคม พ.ศ. 2561 - 30 กันยายน พ.ศ. 2562)