ในอดีตที่ผ่านมาการศาสนา และการศึกษา จะดำเนินควบคู่กันมาโดยตลอด ซึ่งในอดีตนั้นงานด้านการศาสนา จะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ "กระทรวงธรรมการ" ซึ่งต่อมาในปี พ.ศ. 2484 ได้มีการประกาศพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม จึงเปลี่ยนชื่อกระทรวงธรรมการ เป็น "กระทรวงศึกษาธิการ" และมีการจัดตั้ง "กรมการศาสนา" ขึ้น

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2545 ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างกระทรวง ทบวง กรมอีกครั้งหนึ่ง จึงมีการแบ่งส่วนราชการของกรมการศาสนาเดิม ออกเป็น 2 ส่วน คือ กรมการศาสนา สังกัดกระทรวงวัฒนธรรม และสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เป็นหน่วยงานขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี