กลุ่มงานขึ้นตรงต่อ ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ

• กลุ่มงานพัฒนาระบบบริหาร
• กลุ่มงานตรวจสอบภายใน
• กลุ่มป้องกันและปราบปรามการทุจริต
• กลุ่มคุ้มครองและส่งเสริมจริยธรรม

สำนัก/กอง

• สำนักงานเลขานุการกรม
• กองพุทธศาสนศึกษา
• กองพุทธศาสนสถาน
• สำนักงานพุทธมณฑล

• สำนักงานศาสนสมบัติ
• สำนักเลขาธิการมหาเถรสมาคม
• สถาบันพระสังฆาธิการ
• กองส่งเสริมงานเผยแผ่พระพุทธศาสนา

หน่วยงานส่วนภูมิภาค

• สำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัด 76 จังหวัด