สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษา มีหน่วยงานในสังกัด 10 หน่วยงาน ได้แก่[1]

หน่วยงานตามกฏกระทรวง

• สำนักอำนวยการ (สอ.)
• สำนักนโยบายและแผนการศึกษา (สนผ.)
• สำนักประเมินผลการจัดการศึกษา (สปศ.)
• สำนักพัฒนากฎหมายการศึกษา (สกม.)
• สำนักมาตรฐานการศึกษาและพัฒนาการเรียนรู้ (สมร.)
• สำนักวิจัยและพัฒนาการศึกษา (สวพ.)
• กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร (กพร.)

หน่วยงานภายในสำนักงาน

• สำนักนโยบายความร่วมมือกับต่างประเทศ (สนต.)
• สำนักสื่อสารองค์กร (สสอ.)
• สำนักนโยบายการพัฒนาเด็กปฐมวัย (สนป.)
• กลุ่มงานตรวจสอบภายใน