สำนักทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดิน อยู่ภายใต้การกำกับดูแลและรับผิดชอบของผู้อำนวยการสำนักทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดิน แบ่งหน่วยงานในสังกัดในส่วนกลางออกเป็น 5 ส่วน และในส่วนภูมิภาค 2 ส่วน ดังนี้

หน่วยงานในส่วนกลาง

1. ส่วนเก็บรักษาและอนุรักษ์ทรัพย์สิน มีหน้าที่ดูแล เก็บรักษา และซ่อมแซมทรัพย์สินให้คงสภาพ หรือเสื่อมสภาพน้อยที่สุดตามหลักวิชาการอนุรักษ์
2. ส่วนจัดแสดงทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดิน มีหน้าที่จัดแสดงทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดินและเหรียญกษาปณ์ไทย ทั้งภายในและต่างประเทศ
3. ส่วนจัดการผลิตภัณฑ์ มีหน้าที่จัดหา จัดเก็บ และจำหน่ายเหรียญและผลิตภัณฑ์เหรียญ
4. ส่วนบริหารเงินทุน มีหน้าที่ในการจัดทำบัญชีและงบการเงินของเงินทุนหมุนเวียนการแสดงเหรียญกษาปณ์และเงินตราไทย
5. ส่วนอำนวยการ มีหน้าที่บริหารจัดการทรัพยากรที่ใช้ในการปฏิบัติงาน และเป็นหน่วยสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนต่างๆ
6. ศาลาธนารักษ์ 1 จังหวัดเชียงใหม่ มีหน้าที่เผยแพร่และจัดแสดงทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดิน จำหน่ายเหรียญและผลิตภัณฑ์เหรียญ
7. ศาลาธนารักษ์ 2 จังหวัดสงขลา มีหน้าที่จำหน่ายเหรียญและผลิตภัณฑ์เหรียญ