เมื่อวันที่ 20 กันยายน พ.ศ.​ 2550 คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ หรือ ปปช. ได้ระบุว่านายสิทธิชัยเป็นหนึ่งในสามรัฐมนตรีถือครองหุ้นในห้างหุ้นส่วนหรือบริษัทเกินกว่าร้อยละ 5 ของจำนวนหุ้นทั้งหมดที่จำหน่ายได้ ซึ่งถือเป็นการไม่ปฏิบัติตาม พ.ร.บ.การจัดการหุ้นส่วนและหุ้นของรัฐมนตรี พ.ศ. 2543 (อีกสองคนคือ นางอรนุช โอสถานนท์ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพาณิชย์ และนายอารีย์ วงศ์อารยะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย) อย่างไรก็ตามยังมีข้อถกเถียงว่า พ.ร.บ. ดังกล่าวเป็นกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2540 ในขณะที่ช่วงเวลาที่แต่งตั้งคณะรัฐมนตรีนั้นใช้รัฐธรรมนูญชั่วคราว พ.ศ. 2549[19]

วันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2550 นายสิทธิชัยได้ประกาศลาออกจากตำแหน่ง โดยให้เหตุผลว่าไม่ต้องการถูกวิพากษ์วิจารณ์ และไม่ได้ปกปิดหุ้น เพียงแต่ไม่เข้าใจข้อกฎหมายอย่างชัดเจน โดยใบลาออกจะมีผลวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2550[20]