สิบสองหางออนไลน์ เป็นเรื่องสมมุติที่เกี่ยวกับโลกในอนาคตอีก 5,000 ปี โดยก่อนหน้านั้นโลกได้พบกับภัยพิบัติอันร้ายแรง จนทำให้สิ่งมีชีวิตที่อยู่ในโลก รวมทั้งมนุษย์ได้หายสาบสูญไปจนหมดสิ้น และเมื่อเวลาผ่านไป ธรรมชาติก็ได้ฟื้นกลับมาใหม่ พร้อมกับกระแสเวทมนตร์ที่ค่อย ๆ เกิดขึ้นอีกครั้ง จนทำให้ก่อเกิดเทพต่าง ๆ ขึ้นบนโลกแห่งนี้ ด้วยพลังเวทมนตร์ในการก่อกำเนิดเทพแสงนั้น บังเอิญทำให้กระรอกน้อยตัวหนึ่งมีสติปัญญาขึ้นมา เทพแสงจึงได้เล่าเรื่องราวที่เกิดขึ้นบนโลกทั้งหมดให้กระรอกน้อยฟัง และได้มอบไม้เท้าแห่งปัญญาให้ พร้อมขนานนามให้ใหม่ว่า "เฟิร์สเทล" (First Tail) เฟิร์สเทลตัดสินใจออกเดินทางเพื่อเล่าเรื่องราวต่าง ๆ พร้อมคำสอนจากเทพแสงให้เหล่าสัตว์ทั้งหลายฟัง หลายสิบปีผ่านไป เฟิร์สเทลได้พาเหล่าสัตว์กลับมาหาเทพแสง เทพแสงจึงสั่งสอนให้เหล่าสัตว์ทั้งหลายต่างดำรงเผ่าพันธุ์กันด้วยความสามัคคี และนั่นเป็นจุดเริ่มต้นของอารยธรรมใหม่ ซึ่งเป็นอารยธรรมของสัตว์ที่เคยด้อยสติปัญญา กลายเป็นสัตว์ที่มีสติปัญญาเทียบเท่ามนุษย์[7]

แต่ทว่า หลายร้อยปีหลังจากสร้างอารยธรรมสัตว์ขึ้นมา บรรดาสัตว์เหล่านั้นได้หลงลืมสิ่งที่เฟิร์สเทลได้เคยสอนถึงการอยู่ร่วมกันด้วยความปรองดอง โดยสัตว์ทั้งหลายนั้นได้แตกแยกออกเป็นฝ่ายต่าง ๆ และกระจัดกระจายกันอยู่ตามเกาะต่าง ๆ โดยมีวัฒนธรรมและความเชื่อที่แตกต่างกัน แม้แต่เหล่าเทพเองก็ไม่มีความเกี่ยวดองกัน ต่างอาศัยอยู่ในเฉพาะถิ่นของตน และดำเนินชีวิตแตกต่างกันออกไป จนกระทั่งเทพแห่งแสงอัลคาเซียได้สามารถรับรู้ถึงกระแสแห่งกาลเวลา และได้เล็งเห็นถึงภัยพิบัติครั้งใหม่ที่กำลังจะเกิดขึ้น จึงได้มอบหมายให้โบลดาส แม่ทัพผู้คุ้มครองเมืองแห่งแสงคัดเลือกผู้กล้าที่มีคุณสมบัติเพียงพอให้เข้าเฝ้า เพื่อมอบภารกิจที่จะเปลี่ยนชะตาของโลกให้ จากนั้นก็ได้รวบรวมผู้กล้าซึ่งเป็นบรรดาสัตว์ทั้ง 12 ชนิด เพื่อนำสาส์นไปขอความช่วยเหลือจากเหล่าเทพทั้ง 6 เหล่า โดยพวกเขาได้พบกับเทพดินที่อาศัยอยู่ในป่าแห่งทิศเหนือในเวลาต่อมา[8][9]

จากนั้น เหล่าผู้กล้าได้เดินทางไปยังดินแดนที่เต็มไปด้วยอุปสรรคต่าง ๆ มากมาย พวกเขานำสาส์นจากเทพแห่งแสงไปมอบให้แก่เทพแห่งไฟในดินแดนหิมะที่หนาวเหน็บ และได้เดินทางไปยังที่อยู่ของเทพแห่งลมนามว่าซันซันซึ่งเป็นเขตทะเลทราย[10][11] จากนั้น เหล่าผู้กล้าเดินทางสู่แดนแห่งน้ำ และได้รับความช่วยเหลือจากจอมเวทย์เร็กกุในการทำให้พวกเขาสามารถหายใจใต้น้ำได้ และได้พบกับเทพแห่งน้ำในเวลาต่อมา ระหว่างการนำสาส์นมอบแก่เทพต่าง ๆ นี้เอง เมืองแห่งแสงก็เกิดเหตุการณ์ที่ไม่คาดฝันขึ้น นั่นคือความมืดได้เข้ามาครอบครองเมืองแห่งแสง เหล่าสัตว์หางทั้งหลายจึงร่วมมือกันต่อสู้กับกองทัพของเทพเงาที่บุกโจมตีเมืองแห่งแสงอย่างสุดฝีมือ[12][13] ในภารกิจต่อมา หัวหน้าอินทรีอิทาลุส ซึ่งเป็นผู้สังเกตการณ์ดินแดนรอบนอกอาณาจักร ได้สั่งให้เหล่าฮีโร่ไปตามสืบผู้บุกรุกที่มีลักษณะเหมือนเครื่องจักรกล แล้วพวกเขาก็ได้พบกับอารยธรรมที่เก่าแก่กลางทะเลทราย ซึ่งมีความเป็นไปได้ว่าสองปริศนานี้อาจมีความเกี่ยวข้องถึงกัน[14][15] ภายหลังจากที่รู้ว่าหุ่นยนต์ได้บุกมายังดินแดนของเหล่าผู้กล้าแล้ว เมื่อแซปป้าคิดว่าเทคโนโลยีของหุ่นยนต์มีความล้ำหน้ากว่าที่พวกผู้กล้าใช้อยู่ จึงคิดว่าการไปสำรวจห้องสมุดที่อยู่ใต้เมืองแสงอาจจะได้ข้อมูลเกี่ยวกับเทคโนโลยีโบราณเหล่านี้เพิ่มเติม[16]

ที่ถ้ำใต้ดินของเหล่าตุ่น ซึ่งอยู่ใต้เมืองแห่งแสง ได้มีความมืดเข้าครอบงำ เหล่าสรรพสัตว์ต่างหายสาบสูญไปอย่างไร้ร่องรอย ซึ่งเหล่าผู้กล้าต่างได้ต่อสู้กับหนึ่งในเทพขึ้นเป็นครั้งแรก[17][18] แล้วพวกเขาก็ก้าวเข้าสู่การทำสงคราม[19]