หลังสำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาโท ได้บรรจุเข้ารับราชการในตำแหน่งอาจารย์ ภาควิชาพืชศาสตร์ คณะเกษตร มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2504 และต่อมาได้ดำรงตำแหน่งต่างๆ ดังต่อไปนี้

• พ.ศ. 2509 - พ.ศ. 2512 และ พ.ศ. 2514 - พ.ศ. 2522 ผู้ประสานงานโครงการข้าวโพดและข้าวฟ่างแห่งชาติ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2510 - พ.ศ. 2512 และ พ.ศ. 2514 - พ.ศ. 2522 ผู้ช่วยหัวหน้าภาควิชาพืชศาสตร์หมวดพืชไร่ คณะเกษตร มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2511 - พ.ศ. 2513 Visiting Scientist ประจำศูนย์วิจัยนานาชาติเรื่องข้าวโพดและข้าวสาลี ประเทศเม็กซิโก (CIMMYT)
• พ.ศ. 2521 - พ.ศ. 2522 Agricultural Consultant ที่สถาบันการเกษตรเขตร้อนนานาชาติ (IITA) ประเทศไนจีเรีย โดยปฏิบัติงานให้กับประเทศบูร์กินาฟาโซ (Upper Volta ในอดีต) ร่วมด้วย
• พ.ศ. 2521 - พ.ศ. 2522 ผู้ช่วยผู้อำนวยการและรักษาการผู้อำนวยการศูนย์วิจัยข้าวโพดและข้าวฟ่างแห่งชาติ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2522 - พ.ศ. 2529 คณบดีคณะทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
• พ.ศ. 2529 - พ.ศ. 2530 Executive Board Member Association of Asian Agricultural Colleges and Universities
• พ.ศ. 2529 - พ.ศ. 2533 รองอธิการบดีประจำวิทยาเขตกำแพงแสน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. 2533 - พ.ศ. 2535 รองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย (อ.ก.ม.) ทบวงมหาวิทยาลัย
• พ.ศ. 2535 ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งสถาบันอินทรีย์จันทรสถิตย์เพื่อการค้นคว้าและพัฒนาด้านพืชศาสตร์
• พ.ศ. 2535 - พ.ศ. 2537 กรรมการ อ.ก.ม. วิสามัญอุทธรณ์และร้องทุกข์ ทบวงมหาวิทยาลัย
• พ.ศ. 2536 - พ.ศ. 2544 และ พ.ศ. 2552 - พ.ศ. 2556 อธิการบดีมหาวิทยาลัยนเรศวร
• พ.ศ. 2539 - พ.ศ. 2543 สมาชิกวุฒิสภา
• พ.ศ. 2539 - พ.ศ. 2546 กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ สภามหาวิทยาลัยแม่โจ้
• พ.ศ. 2541 - พ.ศ. 2543 กรรมการ อ.ก.ม. วิสามัญเกี่ยวกับอัตรากำลังและระบบราชการทบวงมหาวิทยาลัย และกรรมการ อ.ก.ม. วิสามัญกฎหมายและระเบียบราชการ ทบวงมหาวิทยาลัย
• พ.ศ. 2543 - พ.ศ. 2545 กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ สภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
• พ.ศ. 2544 - พ.ศ. 2545 อธิการบดีมหาวิทยาลัยโยนก
• พ.ศ. 2544 - พ.ศ. 2549 อุปนายกสภามหาวิทยาลัยทักษิณ
• พ.ศ. 2549 - พ.ศ. 2551 กรรมการข้าราชการพลเรือน ในสถาบันอุดมศึกษาของรัฐ (กพอ.)

ปัจจุบัน ศาสตราจารย์ ดร.สุจินต์ จินายน ดำรงตำแหน่งหน้าที่พิเศษต่างๆ อาทิ นายกสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลอีสาน และมหาวิทยาลัยทักษิณ