ศาสตราจารย์ ดร.สุจินต์ จินายน ได้รับพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์จากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รวมทั้งได้รับเครื่องราชอิสริยาภรณ์จากต่างประเทศดังต่อไปนี้

• พ.ศ. 2539 - เครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นที่เชิดชูยิ่งช้างเผือก ชั้นสูงสุด มหาปรมาภรณ์ช้างเผือก (ม.ป.ช.)[1]

• พ.ศ. 2535 - เครื่องราชอิสริยาภรณ์อันมีเกียรติยศยิ่งมงกุฎไทย ชั้นสูงสุด มหาวชิรมงกุฎ (ม.ว.ม.)

• พ.ศ. 2542 - เครื่องราชอิสริยาภรณ์จุลจอมเกล้า ชั้นตติยจุลจอมเกล้าวิเศษ (ต.จ.ว.)

• พ.ศ. 2546 - เครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นที่สรรเสริญยิ่งดิเรกคุณาภรณ์ ชั้น 4 จตุตถดิเรกคุณาภรณ์ (จ.ภ.)

• พ.ศ. 2561 - เหรียญดุษฎีมาลา เข็มศิลปวิทยา (ร.ด.ม.(ศ))[2]

เครื่องราชอิสริยาภรณ์ต่างประเทศ

• พ.ศ. 2539 เครื่องอิสริยาภรณ์ชั้นสูงด้านการศึกษา Commandeur de I Ordre des Palmes Academiques จากรัฐบาลฝรั่งเศส
• พ.ศ. 2531 เครื่องราชอิสริยาภรณ์ด้านการศึกษา Commardeur dans l'Ordove des Palmes Academiques สาขาเกียรติคุณทางการเกษตร Officier du Merite Agrigole จากรัฐบาลฝรั่งเศส