นอกจากจะถูกวิพากษ์วิจารณ์จากรับตำแหน่งจากคณะรัฐประหารแล้ว พล.อ. สุรยุทธ์ ยังถูกกล่าวหาในเรื่องการบุกรุกป่าสงวนและการคอรัปชั่นด้วย

การบุกรุกป่าสงวน

พลเอก สุรยุทธ์ ถูกกล่าวหาว่าครอบครองพื้นที่ป่าสงวนเขายายเที่ยง ในจังหวัดนครราชสีมา ซึ่งขัดต่อกฎหมายพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติ อย่างไรก็ดี กรมป่าไม้ได้พิสูจน์แล้วว่าที่ผืนนี้เป็นหนึ่งในจำนวนหลายร้อยแปลงที่เรียกว่า "พื้นที่จัดสรรแบบหมู่บ้านป่าไม้" และเอกสารสิทธิ์คือ ภบท.5 ซึ่งสามารถตกทอดได้ทางทายาทโดยธรรมเท่านั้น และแปลงที่พลเอกสุรยุทธ์ครอบครองนั้นผู้ได้รับจัดสรรโดยถูกต้องแต่แรกคือ นายเบ้า สินนอก เมื่อพลเอกสุรยุทธ์เป็นผู้นำแม่ทัพภาคที่ 2 ได้ซื้อที่ดินมาจากพันเอก สุรฤทธิ์ จันทราทิพ ซึ่งก็ซื้อมาอีกทอดหนึ่ง โปรดสังเกตว่าช่องว่างทางกฎหมายนี้ที่ทำให้บุคคลมากมายทั่วประเทศยอมเสียเงินซื้อที่ ภบท.5 ที่ไม่สามารถซื้อขายเปลี่ยนมือได้ยกเว้นตกทอด ทั้ง ๆ รู้แก่ใจว่าเมื่อรัฐเรียกคืนก็ต้องคืนพล.อ. สุรยุทธ์กล่าวว่าเขาจะลาออกและคืนที่ดินนี้ (ซึ่งเขาไม่ได้ปฏิเสธว่าเขาเป็นเจ้าของ) ทันทีหากพบความผิด [26] อารีย์ วงศ์อารยะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย กล่าวปกป้องสุรยุทธ์ว่า "พล.อ. สุรยุทธ์ซื้อที่ดินนี้มาจากคนอื่น ดังนั้นจะต้องไปถามคน ๆ นั้นว่าที่ดินนี้เป็นพื้นที่สงวนหรือไม่"

จรัญ ดิษฐาอภิชัย อดีตคณะกรรมการสิทธิมนุษชนแห่งชาติ กล่าวว่า "ผมรับไม่ได้ที่ใครคนหนึ่งสร้างบ้านหรูหราในพื้นที่ป่าสงวน กลับเรียกตัวเองว่าเป็นผู้มีจริยธรรมและความพอเพียง"[27]

อย่างไรก็ตาม สำนักงานคณะป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ปปช.) ปฏิเสธที่จะตรวจสอบคดีนี้โดยให้เหตุผลว่าไม่มีอำนาจไปตรวจสอบ กล้าณรงค์ จันทิก หนึ่งใน ปปช. กล่าวว่า พลเอก สุรยุทธ์ เกษียณจากกองทัพเมื่อ พ.ศ. 2546 แต่เพิ่งมาฟ้องร้องกัน 4 ปีหลังเกษียณ ปปช. ไม่สามารถสอบสวนคดีที่มีอายุเกิน 2 ปีหลังจากเกษียณได้ [28]

การฉ้อราษฎร์บังหลวง

พล.อ. สุรยุทธ์ ชื่นชอบสะสมโมเดลรถไฟ เขาถูกกล่าวหาว่าครอบครองโบกี้รถไฟ 4 โบกี้ ไว้ที่บ้านเขายายเที่ยง จ.นครราชสีมา อย่างผิดกฎหมาย พล.อ. สุรยุทธ์กล่าวว่าจริง ๆ แล้วเขามีมากกว่า 4 โบกี้ แต่ทั้งหมดเป็นรถไฟจำลองขนาดเล็กวิ่งด้วยไฟฟ้า อยู่ในกรุงเทพฯ และได้มาอย่างถูกต้องตามกฎหมาย[29]

อย่างไรก็ตาม หนังสือพิมพ์ข่าวสดฉบับวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ได้เผยแพร่ภาพสิ่งปลูกสร้างคล้ายรางรถไฟที่อยู่บนเขาใกล้ที่พักของ พล.อ. สุรยุทธ์ ที่เขายายเที่ยง ซึ่งก่อนการสิ้นสุดการดำรงตำแหน่ง พล.อ. สุรยุทธ์ ได้เชิญสื่อมวลชนราว 40 คน ขึ้นไปเยี่ยมชมและทานอาหารกลางวัน ณ บ้านพักบนเขายายเที่ยงดังกล่าว จึงปรากฏความจริงว่าสิ่งที่ดูคล้ายโบกี้รถไฟนั้นคืออาคารที่ปลูกอยู่ใกล้กับตัวบ้านพัก [ต้องการอ้างอิง]

หลังจากที่มีการชุมนุมบนหมู่บ้านเขายายเที่ยง และด้วยเกรงว่าชาวบ้านอีกมากที่ครอบครองที่ดินลักษณะเดียวกันจะได้รับผลกระทบ พล.อ. สุรยุทธ์ จึงให้เจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องมารับมอบที่ดินที่มีปัญหาของตนกลับไปพร้อมสิ่งปลูกสร้างทั้งหมดโดยไม่รื้อถอน