มีผลงานการเขียนด้านบทความมากมายตามนิตยสารต่าง ๆ เช่น เมืองโบราณ, ศิลปวัฒนธรรม เป็นต้น มีผลงานด้านหนังสือ เช่น

• สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ (พ.ศ. ๒๓๑๐): ศึกษาจากพงศาวดารพม่าฉบับราชวงศ์คองบอง (พ.ศ. 2531)
• พม่ารบไทย (พ.ศ. 2537)
• สู่ลุ่มอิระวดี (2537)
• บุเรงนอง กะยอดินนรธา กษัตริย์พม่าในโลกทัศน์ไทย (พ.ศ. 2538)
• พระสุพรรณกัลยาจากตำนานสู่หน้าประวัติศาสตร์ (พ.ศ. 2542)
• พม่าอ่านไทย: ว่าด้วยประวัติศาสตร์และศิลปะไทยในทรรศนะพม่า (พ.ศ. 2544)
• เรือ: วัฒนธรรมชาวน้ำลุ่มน้ำเจ้าพระยา (2545)
• ชาตินิยมในแบบเรียนไทย (2552)
• จากศึกบางกุ้งถึงศึกอะแซหวุ่นกี้: เผยโฉมยุทธศาสตร์พม่ารบไทยยุคกรุงธนบุรี (2562)

สำหรับผลงานวิจัย ในปี พ.ศ. 2552 คือ ไทยในการรับรู้และความเข้าใจของประเทศเพื่อนบ้าน ภายใต้การสนับสนุนจากสำนักงานกองทุนเพื่อสนับสนุนการวิจัย (สกว.) เป็นโครงการที่ศึกษามุมมองของประเทศเพื่อนบ้านอันได้แก่ พม่า, ลาว, เวียดนาม, กัมพูชา, และมาเลเซีย ว่ามีมุมมอง ทัศนคติต่อไทยอย่างไร ซึ่ง ศ.ดร.สุเนตร ชุตินธรานนท์ ทำหน้าที่เป็นหัวหน้าโครงการ

นอกจากนี้ ศ.ดร.สุเนตร ชุตินธรานนท์ ยังเป็นวิทยากรให้ความรู้ทางประวัติศาสตร์ตามโอกาสต่าง ๆ เช่น การพูดคุยกับวีระ ธีรภัทรทางวิทยุคลื่น F.M.96.5 MHz เป็นต้น และยังเป็นที่ปรึกษาทางประวัติศาสตร์แก่หม่อมเจ้าชาตรีเฉลิม ยุคล ในการเขียนบทภาพยนตร์เรื่อง สุริโยไท (พ.ศ. 2544) ภาพยนตร์ชุด ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (พ.ศ. 2550-2557) "พันท้ายนรสิงห์" (พ.ศ. 2558) โดยในเครดิตภาพยนตร์ปรากฏชื่อของ ดร. สุเนตร เป็นผู้เขียนบทร่วมกับหม่อมเจ้าชาตรีเฉลิม ยุคล ด้วย[1] [2]