ยุคแรก

สโมสรทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด ได้ถือกำเนิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2505 ซึ่งในขณะนั้นใช้ชื่อว่า สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพ จากปณิธานตั้งมั่นของผู้บริหารและคณาจารย์มหาวิทยาลัยกรุงเทพ ที่ต้องการสร้างสรรค์มหาวิทยาลัยให้เป็นสถาบันอุดมศึกษาที่มีคุณภาพชั้นนำของประเทศ ซึ่งนอกเหนือจากมุ่งส่งเสริมด้านการเรียน เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพออกสู่สังคมแล้ว มหาวิทยาลัยยังให้ความสำคัญกับการสนับสนุนกิจกรรมการกีฬา โดยจัดให้มีศูนย์กีฬาและสนามกีฬาเพื่อให้บริการแก่นักศึกษา บุคลากรตลอดจนบุคคลภายนอก และได้ส่งทีมนักกีฬาเข้าร่วมแข่งขันตามคำเชิญของหน่วยงานและองค์กรต่างๆ อย่างต่อเนื่อง และฟุตบอลถือเป็นกีฬาหนึ่ง ที่มหาวิทยาลัยได้ส่งสโมสรฟุตบอลเข้าร่วมการแข่งขันเรื่อยมา

เข้าร่วมกับสมาคมฟุตบอล

เมื่อเข้าสู่ปี พ.ศ. 2531 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพได้ร่วมเข้าเป็นสมาชิกของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ และได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. ก่อนจะสามารถเลื่อนระดับชั้นสู่ถ้วยพระราชทานประเภท ค. ในปี พ.ศ. 2533 และเลื่อนขึ้นไปแข่งในถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปี พ.ศ. 2534 จากการบ่มเพาะฝึกฝนพัฒนาทักษะของทีมเรื่อยมา จนปี พ.ศ. 2543 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพได้ตำแหน่งรองชนะเลิศถ้วยพระราชทานประเภท ข. ทำให้ได้รับสิทธิ์ให้เข้าร่วมการแข่งขันในไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2544/2545 และจบที่อันดับ 3

ไทยพรีเมียร์ลีก

ในฤดูกาล 2545/2546 สโมสรคว้าแชมป์ไทยลีกดิวิชั่น 1 ได้สำเร็จ ทำให้ได้รับสิทธิ์เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีก ซึ่งถือเป็นผลงานในระดับที่ดีที่สุดครั้งแรกของการก่อตั้งสโมสร และถือเป็นทีมสโมสรเดียวจากสถาบันการศึกษาที่สามารถเลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในระดับลีกสูงสุดของประเทศได้โดยที่มีนักกีฬาส่วนใหญ่มาจากนักศึกษาและศิษย์เก่าของมหาวิทยาลัย จนมาถึงการเข้าร่วมแข่งขันในไทยพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2549 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพก็สามารถคว้าแชมป์ลีกสุงสุดของไทยได้สำเร็จ จากทีมร่วมแข่งขันทั้งหมด 16 ทีม และได้สิทธิ์เป็นตัวแทนประเทศไทยเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก และยังได้รับเชิญจากสมาคมฟุตบอลประเทศสิงคโปร์ให้เข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลสิงคโปร์คัพ 2007 (ได้อันดับ 3) และจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 4 ในไทยพรีเมียร์ลีก ส่วนผลแข่งขันจากรายการเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2008 จับฉลากได้อยู่ในสายเอฟ ซึ่งแข่งขันกับทีมคาวาซากิ ฟรอนตาเล่ จากญี่ปุ่น อาเรมามาลังจากอินโดนีเซีย และชุนนัม ดรากอนส์จากเกาหลีใต้ โดยมีการแข่งขันทั้งหมด 6 นัด ทีมมหาวิทยาลัยกรุงเทพเสมอ 3 และแพ้ 3 ตกรอบแบ่งกลุ่มของรายการนี้ แต่ก็ถือเป็นความภาคภูมิใจและเป็นก้าวสำคัญในการพัฒนาทีมสู่การแข่งขันอาชีพระดับนานาชาติ

เปลี่ยนชื่อเป็นแบงค็อก ยูไนเต็ด

ปี พ.ศ. 2552 สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น แบงค็อก ยูไนเต็ด จากการร่วมเป็นพันธมิตรกับ กรุงเทพมหานคร ด้วยหลักการและเหตุผลที่ต้องการพัฒนาทีมของมหาวิทยาลัยให้เป็นทีมของชาวกรุงเทพฯ และเพื่อยกระดับมาตรฐานฟุตบอลอาชีพของไทยสู่ความเป็นมืออาชีพอย่างเต็มตัว ทำให้มีการปรับเปลี่ยนของสโมสรหลายอย่าง เช่น การเปลี่ยนตัวประธานสโมสรจากเรือโทหญิงสุธี บูรณธนิต เป็นนายอภิรักษ์ โกษะโยธิน และเปลี่ยนสัญลักษณ์ตลอดจนสีชุดแข่งขันจากสีประจำมหาวิทยาลัยกรุงเทพเป็นสีประจำของกรุงเทพมหานคร รวมทั้งย้ายสนามแข่งขันจากสนามมหาวิทยาลัยกรุงเทพ วิทยาเขตรังสิต มาเป็นสนามศูนย์เยาวชนไทย-ญี่ปุ่น ดินแดง และเมื่อเดือนต้นเดือนมีนาคม พ.ศ. 2553 กลุ่มทรู คอร์ปอเรชั่น ได้เข้าร่วมสนับสนุนโดยการถือหุ้นรายใหญ่ของสโมสรแบงค็อก ยูไนเต็ด ฟุตบอลคลับ เพื่อสร้างโอกาสเติบโตให้เกิดแก่วงการฟุตบอลไทย[1] รวมทั้งได้เริ่มจัดตั้ง สถาบันสอนฟุตบอลกรุงเทพมหานคร หรือ แบงค็อก ฟุตบอล อคาเดมี จากความร่วมมือของกรุงเทพมหานคร พร้อมกับสร้างปูทางสู่ระดับนานาชาติให้กับทีมด้วยการดึงนักเตะต่างชาติมาเข้าร่วมทีม ตลอดจนรวมพลนักเตะระดับชาติที่มีชื่อหลายคนมาเพิ่มความแข็งแกร่งให้กับทีม ด้วยเป้าหมายสำคัญกับการขึ้นสู่อันดับ 1 ใน 5 ของไทยพรีเมียร์ลีก แต่สโมสรก็ทำผลงานได้อย่างน่าผิดหวังจนจบฤดูกาล 2552 และฤดูกาล 2553 ด้วยอันดับ 13 และ 15 ตามลำดับ ตกชั้นสู่ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ในฤดูกาลต่อมา

ตกชั้น

หลังจากตกชั้นลงสู่ไทยลีกดิวิชั่น 1 สโมสรก็ได้ตั้งเป้าหมายในการกลับขึ้นไปแข่งขันในไทยพรีเมียร์ลีกซึ่งเป็นลีกสูงสุดของประเทศอีกครั้ง ด้วยการเปลี่ยนแปลงทีมใหม่ทั้งหมดเพื่อเพิ่มความแข็งแกร่งและสร้างรากฐานให้มีความพร้อมในการเป็นสโมสรฟุตบอลชั้นนำของประเทศ โดยในฤดูกาล 2554 สโมสรจบการแข่งขันด้วยอันดับ 6 ของไทยลีก ดิวิชั่น 1 พลาดการเลื่อนชั้นสู่ไทยพรีเมียร์ลีกอย่างน่าเสียดาย สำหรับในฤดูกาล 2555 ภายใต้การนำของ สะสม พบประเสริฐ แม้จะออกสตาร์ทช่วงต้นฤดูกาลไม่ดีนัก แต่ด้วยความร่วมมือร่วมใจกันของทุกฝ่ายสโมสรจึงกลับมาทำผลงานได้ดีในช่วงครึ่งหลังของฤดูกาล ส่งผลให้จบฤดูกาลด้วยอันดับ 3 คว้าตั๋วใบสุดท้ายเลื่อนชั้นสู่ไทยพรีเมียร์ลีกได้ในที่สุด

ยุคใหม่และการแข่งขันแชมเปียนส์ลีก

ปี พ.ศ. 2556 นายขจร เจียรวนนท์ ได้เข้ามาดำรงตำแหน่งประธานสโมสรแบงค็อก ยูไนเต็ด คนใหม่ ต่อจากนายอภิรักษ์ โกษะโยธิน ซึ่งมีการปรับปรุงสโมสรให้มีความแข็งแกร่งขึ้นในหลายๆ ด้านเพื่อสู้ศึกไทยพรีเมียร์ลีก โดยในปีเดียวกัน ผู้สนับสนุนหลักอย่าง ทรูวิชั่นส์ ได้ทุ่มงบประมาณก้อนใหญ่กว่า 60 ล้านบาทเพื่อใช้สนับสนุนสโมสร พร้อมกับเปิดตัวนักเตะหน้าใหม่ที่สโมสรดึงเข้ามาร่วมทีมอาทิเช่น รณชัย รังสิโย, ปกาศิต แสนสุข, พงษ์พิพัฒน์ คำนวณ, โทนี่ คอสต้า และ มาริโอ ดาซิลวา เข้ามาผนึกกำลังร่วมกับนักเตะชุดเก่าเมื่อฤดูกาลที่แล้วซึ่งช่วยให้ศักยภาพของทีมโดยรวมดีขึ้น สำหรับเป้าหมายในฤดูกาล 2556 สะสม พบประเสริฐ หัวหน้าผู้ฝึกสอนตั้งเป้าที่จะพาทีมให้อยู่รอดในลีกสูงสุดของประเทศไทยให้ได้ ก่อนที่จะก้าวขึ้นสู่เป้าหมายที่สูงกว่าในอันดับต่อไป

สำหรับผลการแข่งขันในฤดูกาล 2556 สโมสรออกสตาร์ทได้ไม่ดีนักเก็บได้เพียง 1 คะแนนจากการแข่งขัน 7 นัดแรก ทำให้ถูกมองว่าเป็นทีมเต็งในปีนี้ที่ต้องตกชั้นไปเล่น ไทยลีกดิวิชั่น 1 แต่ด้วยกำลังใจจากกองเชียร์ ประกอบกับความมุ่งมั่นของทีมงานและนักเตะ ส่งผลให้สโมสรมีผลงานที่ดีขึ้นตามลำดับในช่วงครึ่งหลังของฤดูกาล จนสามารถจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 13 และรักษาสถานะสโมสรในลีกสูงสุดของประเทศไทยได้ตามเป้าหมายที่วางไว้ ก่อนจะไต่ขึ้นมาตามลำดับภายใต้การคุมทีมของ อาเลชังดรี ปอลกิง จนกระทั่งในฤดูกาล 2559 แข้งเทพ ก็ประสบความสำเร็จในการคว้าสิทธิ์ไปเล่นเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก 2017 หลังจากจบฤดูกาลด้วยรองแชมป์

ในการแข่งขันถ้วยสโมสรเอเชียของ แข้งเทพ ในปีนี้เริ่มต้นที่รอบเพลย์ออฟ ซึ่งพวกเขาเปิดบ้านเจอกับสโมสรฟุตบอลยะโฮร์ดารุลตาซิม ทีมแชมป์มาเลเซียซูเปอร์ลีก แต่ แข้งเทพ กลับพลาดท่าดวลจุดโทษแพ้ไป 6-5 ตกรอบไปในที่สุด และถือเป็นการพ่ายแพ้ยะโฮร์ของทีมสโมสรจากไทยเป็นครั้งแรกอีกด้วย