หลังจบการแข่งขันเอไอเอสลีก ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2559 สโมสรฟุตบอลนครศรี เฮอริเทจ ที่ได้อันดับสุดท้ายในโซนภาคใต้ ต้องตกชั้นลงสู่ลีกสมัครเล่นอย่างไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์ ประกอบกับทางสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยราชพฤกษ์ ซึ่งลงแข่งขันในโซนตะวันตก ได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในไทยลีก 3 มีนโยบายส่งทีมลงแข่งขันกีฬาในระดับมหาวิทยาลัยแทนการลงแข่งในระดับลีกอาชีพ ผู้บริหารของสโมสรฟุตบอลนครศรี เฮอริเทจ ที่ตกชั้นจึงได้เข้ามาซื้อสิทธิในการลงแข่งขันในไทยลีก 3 จากมหาวิทยาลัยราชพฤกษ์

หลังจากที่ได้สิทธิในการลงแข่งขันมาจากมหาวิทยาลัยราชพฤกษ์ จึงได้ก่อตั้งสโมสรขึ้นมาใหม่ในชื่อ นครศรีธรรมราช ยูนิตี้ โดย พิชญ์ปวีร์ บุณยเกียรติ ที่เคยเป็นรองประธานสโมสรของนครศรี เฮอริเทจ ได้เข้ามาเป็นประธานสโมสรของนครศรีธรรมราช ยูนิตี้ หลังจากนั้นในฤดูกาล 2018 นายปิยะชาติ ศิริปะชะนะ เจ้าของธุรกิจกลุ่ม NAZA GROUP ได้เข้ามาเทคโอเวอร์สโมสร และเปลี่ยนชื่อเป็น สโมสรนครศรี ยูไนเต็ด และในฤดูกาล 2020 นายชนนพัฒฐ์ นาคสั้ว ได้เทคโอเวอร์ทีมฟุตบอลนครศรี ยูไนเต็ด พร้อมกับเปลี่ยนสัญลักษณ์สโมสรใหม่ในปัจจุบัน